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- PDB-4psl: Crystal structure of pfuThermo-DBP-RP1 (crystal form I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4psl
タイトルCrystal structure of pfuThermo-DBP-RP1 (crystal form I)
要素ssDNA binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ssDNA binding protein
機能・相同性ThermoDBP-related, archaea / ThermoDBP-related, archaea / DUF2258 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gahlei, H. / von Moeller, H. / Eppers, D. / Sohmen, D. / Wilson, D.N. / Loll, B. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Entrapment of DNA in an intersubunit tunnel system of a single-stranded DNA-binding protein.
著者: Ghalei, H. / Moeller, H.v. / Eppers, D. / Sohmen, D. / Wilson, D.N. / Loll, B. / Wahl, M.C.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ssDNA binding protein
B: ssDNA binding protein
C: ssDNA binding protein
D: ssDNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4337
ポリマ－70,1454
非ポリマー2883
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13430 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area30240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.636, 136.636, 122.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31B
41C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 145 / Label seq-ID: 3 - 146

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2DD
3BB
4CC

-
要素

#1: タンパク質
ssDNA binding protein


分子量: 17536.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1044 / プラスミド: pET-M11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8U208
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.4, 2.3 M (NH4)2SO4 and 10 mM MgSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.97962, 0.98003, 0.97185
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979621
20.980031
30.971851
反射解像度: 3.5→35 Å / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 69.5 Å2
反射 シェル解像度: 3.5→3.85 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.5→34.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 65.856 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.53 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26693 820 5 %RANDOM
Rwork0.20718 ---
obs0.21015 15568 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 118.651 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.73 Å20.86 Å20 Å2
2--1.73 Å20 Å2
3----2.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→34.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4798 0 15 31 4844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9966490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8015586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.25725.242227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.5151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5331532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3811.52926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77224724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28531936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0934.51766
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1172 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.540.5
Bmedium positional0.60.5
Cmedium positional0.560.5
Dmedium positional0.540.5
Amedium thermal0.282
Bmedium thermal0.282
Cmedium thermal0.312
Dmedium thermal0.262
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 61 -
Rwork0.273 1148 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1954-3.1827-1.28022.93870.60311.52130.3757-0.6630.8574-0.15780.1704-0.6108-0.13220.4406-0.54610.1838-0.118-0.03880.4572-0.18870.34959.6701-67.839715.8798
22.6409-1.8107-1.20953.69380.5982.07530.1807-0.13810.1764-0.07830.19040.0738-0.186-0.0793-0.3710.2309-0.06980.14350.1444-0.06530.15999.0329-65.5458-8.5194
35.2702-3.5374-1.90093.17971.96731.38710.4784-0.3881.0488-0.2806-0.0283-0.6805-0.2470.0426-0.45010.506-0.18220.47760.2671-0.15380.5324-22.9645-35.078620.6988
45.103-3.5491-1.93143.52471.89311.29531.33561.11411.2584-1.3059-0.7808-0.5491-0.8614-0.5267-0.55481.09480.39770.66450.57180.46650.8261-22.6591-31.0961-3.8177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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