ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB PHENIX1.7.2_869精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show ADSCQuantumデータ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング BALBES位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 3RFJ解像度 : 1.992→31.911 Å / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.29 / SU ML : 0.53 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1.89 / 位相誤差 : 27.2 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.244 1403 5.03 % RANDOM Rwork 0.181 - - - obs 0.184 27919 93.15 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.86 Å / VDWプローブ半径 : 1.1 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol : 32.167 Å2 / ksol : 0.306 e/Å3 原子変位パラメータ Biso max : 84.96 Å2 / Biso mean : 33.483 Å2 / Biso min : 10.91 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -2.016 Å2 -0 Å2 -5.342 Å2 2- - -6.724 Å2 0 Å2 3- - - 8.74 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.992→31.911 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1963 0 0 169 2132
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.007 2012 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.054 2747 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.067 346 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.004 360 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d17.075 755
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 10
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)1.992-2.064 0.268 116 0.209 1795 1911 65 2.064-2.146 0.286 102 0.204 2295 2397 79 2.146-2.244 0.303 167 0.195 2666 2833 94 2.244-2.362 0.258 142 0.208 2780 2922 99 2.362-2.51 0.283 156 0.194 2843 2999 100 2.51-2.704 0.279 149 0.194 2874 3023 100 2.704-2.976 0.224 142 0.183 2844 2986 100 2.976-3.406 0.223 151 0.179 2833 2984 100 3.406-4.289 0.201 140 0.155 2831 2971 98 4.289-31.915 0.242 138 0.174 2755 2893 97
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 7.3419 Å / Origin y : 0.571 Å / Origin z : 7.0469 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T 0.1085 Å2 -0.0267 Å2 -0.0279 Å2 - 0.1253 Å2 -0.0103 Å2 - - 0.1746 Å2 L 1.4273 °2 -0.5281 °2 -0.3768 °2 - 2.3103 °2 0.4658 °2 - - 1.9631 °2 S 0.033 Å ° -0.087 Å ° -0.0082 Å ° 0.1957 Å ° 0.0115 Å ° 0.026 Å ° -0.0014 Å ° -0.0058 Å ° -0.0489 Å °
精密化 TLSグループ Selection details : chain A