PDB-4psf: PIH1D1 N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4psf

タイトル

PIH1D1 N-terminal domain

要素

PIH1 domain-containing protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / alpha / beta / Phospho-binding / Tel2 / Phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

TORC1 complex assembly / snoRNA localization / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / pre-snoRNP complex / : / R2TP complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / box C/D snoRNP assembly / epithelial cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.578 Å

データ登録者

Smerdon, S.J. / Boulton, S.J. / Stach, L. / Flower, T.G. / Horejsi, Z.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Phosphorylation-Dependent PIH1D1 Interactions Define Substrate Specificity of the R2TP Cochaperone Complex.
著者: Horejsi, Z. / Stach, L. / Flower, T.G. / Joshi, D. / Flynn, H. / Skehel, J.M. / O'Reilly, N.J. / Ogrodowicz, R.W. / Smerdon, S.J. / Boulton, S.J.

履歴

登録	2014年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4psf.cif.gz	122.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4psf.ent.gz	96.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4psf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4psf_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4psf_full_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示
XML形式データ	4psf_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	4psf_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4psf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4psf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4psiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2awf-d 2g3r-d 3syx-d 1iy3-d 2j4t-1 2w1u-3 6c17-d 2hew-d 4zgi-d 5e6o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PIH1 domain-containing protein 1

B: PIH1 domain-containing protein 1

30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PIH1 domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PIH1 domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.620, 60.620, 169.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	PIH1 domain-containing protein 1 / Nucleolar protein 17 homolog 分子量: 15459.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIH1D1, NOP17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NWS0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2% PEG 400 (v/v), 20% methoxy PEG 5000, 0.1 M imidazole pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月5日
放射	モノクロメーター: 0.92 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.578→35 Å / Num. all: 44722 / Num. obs: 44722 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.58→1.66 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.578→34.798 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1923	2167	4.85 %	random
R_work	0.1749	-	-	-
all	0.178	44637	-	-
obs	0.1757	44637	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.578→34.798 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2104	0	0	287	2391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2154
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	2913
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.544	827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	395

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.578-1.6147	0.224	156	0.2037	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6147-1.6551	0.2382	146	0.195	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6551-1.6998	0.2039	121	0.1854	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6998-1.7499	0.2104	148	0.1791	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7499-1.8063	0.1785	152	0.1865	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8063-1.8709	0.1835	138	0.1853	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8709-1.9458	0.2004	139	0.1787	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9458-2.0343	0.1898	156	0.1729	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0343-2.1416	0.1935	155	0.1709	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1416-2.2757	0.1909	152	0.1652	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2757-2.4514	0.2078	134	0.182	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4514-2.698	0.2045	138	0.1816	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.698-3.0882	0.1903	133	0.1838	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0882-3.89	0.1876	151	0.163	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-34.8066	0.1764	148	0.1683	3098	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6977	0.0918	-1.3208	1.6667	0.4075	1.2986	0.0447	-0.0225	0.1917	-0.0468	0.0167	0.1086	0.0307	-0.1655	-0.0642	0.0954	0.0018	-0.005	0.1404	-0.0003	0.0656	-10.733	10.479	13.6496
2	2.2832	0.6275	-0.6993	1.9661	-0.7481	2.7841	-0.0317	-0.2522	-0.2805	0.1771	-0.0777	-0.0875	0.2174	0.1276	0.0973	0.1078	0.0108	0.003	0.1401	-0.0043	0.1124	-8.0157	5.1849	16.4828
3	2.0219	0.4514	-0.8335	2.0403	-0.1379	1.9406	-0.0381	-0.2221	-0.1127	0.0938	-0.0141	-0.1443	0.055	0.0868	0.0345	0.0877	0.0093	0.0018	0.1423	-0.018	0.1026	-4.5717	7.6553	15.3736
4	3.7739	0.5844	-0.5886	9.6147	-0.9878	2.8756	-0.1602	0.3918	-0.3374	-0.4133	0.0266	-0.383	0.468	-0.2424	-0.3116	0.1028	-0.043	-0.0006	0.1757	-0.0179	0.1201	33.7647	-0.8491	14.8836
5	5.4163	-1.7305	2.9775	2.5615	-0.8522	2.6881	0.0053	-0.0768	-0.1315	-0.062	-0.0126	0.2442	-0.0142	-0.1374	-0.0238	0.0988	0.0031	0.0156	0.129	-0.0061	0.128	18.5614	-0.6217	13.6567
6	5.6981	-3.6932	-2.6637	3.6389	3.37	3.5197	-0.2799	-0.5164	0.1701	0.6874	0.4526	-0.3759	0.0978	0.2614	-0.1919	0.2389	0.0414	-0.0194	0.2146	0.0224	0.2092	34.9565	3.569	26.8071
7	9.4657	-2.673	0.9565	2.0509	-0.2152	5.2896	0.0848	-0.2407	-0.0224	-0.3557	0.2049	-0.7035	-0.2132	-0.1501	-0.3921	0.3542	0.0443	0.0548	0.3453	-0.0781	0.2841	25.3559	15.9226	31.4334
8	1.5733	0.577	0.884	0.9977	0.4899	2.5192	-0.0667	-0.0156	0.1256	0.0946	-0.041	0.0689	0.0079	-0.062	0.107	0.1211	0.0187	0.0191	0.1271	0.0196	0.1515	24.7883	1.3419	17.2161
9	1.9298	-0.0705	-0.7093	2.3249	0.5872	2.2691	-0.1114	-0.0218	0.2027	0.03	-0.0314	0.2496	-0.2646	-0.236	0.1396	0.1144	0.0041	-0.0116	0.1627	-0.0027	0.2037	22.8665	7.5359	18.5235
10	1.6558	0.6596	1.87	3.6471	0.0753	2.2442	0.1133	0.6993	0.6315	-0.5712	0.18	0.3571	-0.4462	-0.6974	-0.3682	0.2646	0.021	-0.0499	0.2424	0.054	0.2684	18.744	10.3072	7.6144
11	2.6845	0.8623	0.0329	4.4169	-1.0271	4.1902	-0.1259	-0.4059	-0.3428	0.206	0.061	0.926	0.2213	-0.5455	0.0637	0.125	-0.019	0.0122	0.251	0.0233	0.2338	14.3167	-3.0301	17.1995

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 141 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 10 through 21 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 22 through 42 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 43 through 52 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 53 through 61 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 62 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 125 through 129 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 130 through 142 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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