ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PROTEUM PLUSPLUSデータ収集 SHELXS位相決定 BUSTER2.11.2精密化 XDSデータ削減 SCALAデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 2→41.88 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.9277 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.9224 / SU R Cruickshank DPI : 0.178 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2168 568 9.61 % RANDOM Rwork 0.1809 - - - all 0.1847 5913 - - obs 0.1847 5913 99.92 % -
原子変位パラメータ Biso mean : 33.49 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -8.0435 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 11.72 Å2 0 Å2 3- - - -3.6765 Å2
Refine analyze Luzzati coordinate error obs : 0.206 Å精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→41.88 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 639 0 2 84 725
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 Restraint function Weight X-RAY DIFFRACTION t_bond_d0.01 639 HARMONIC2 X-RAY DIFFRACTION t_angle_deg0.97 864 HARMONIC2 X-RAY DIFFRACTION t_dihedral_angle_d0 237 SINUSOIDAL2 X-RAY DIFFRACTION t_trig_c_planes0 17 HARMONIC2 X-RAY DIFFRACTION t_gen_planes0 91 HARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_it0 639 HARMONIC20 X-RAY DIFFRACTION t_nbd0 0 SEMIHARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_omega_torsion2.49 X-RAY DIFFRACTION t_other_torsion15.32 X-RAY DIFFRACTION t_chiral_improper_torsion0 86 SEMIHARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_ideal_dist_contact0 828 SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.24 Å / Total num. of bins used : 5 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2082 133 8.12 % Rwork 0.1841 1505 - all 0.1861 1638 - obs - - 99.92 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 5) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.0491 -0.1447 -0.0178 0.0583 -0.0504 0.0266 0.0002 -0.0041 -0.0034 0.0025 0.0007 0.0045 -0.0035 -0.002 -0.0009 0.0014 0.0042 0.0041 -0.015 0.0004 0.0126 7.4473 32.832 2.1026 2 0 -0.0864 0.1534 0.0272 -0.0888 0.0875 0.0007 -0.0016 0.0029 0.0007 0.002 0 -0.0011 0.0073 -0.0027 0.0111 -0.0172 -0.0151 -0.0005 0.0411 -0.0135 17.3379 35.9035 6.7293 3 0.0748 -0.0986 0.3317 0.1274 -0.1938 0.0041 0.0007 -0.0083 0.0096 0.0028 0.0057 0.0046 0.0043 -0.0086 -0.0064 -0.0162 0.006 -0.021 0.0014 0.019 0.0093 7.8842 17.1467 -2.4363 4 0.188 -0.0967 -0.1212 0.2033 -0.0379 0.195 0.0012 -0.0112 0.0061 -0.008 0.0048 -0.0017 0.0134 -0.0021 -0.006 -0.002 -0.0047 0.0009 -0.0045 0.0065 0.0059 16.006 10.8196 -1.7868 5 0.0009 -0.0863 0.3348 0.0948 -0.2756 0.1629 -0.0022 -0.007 -0.0024 0.0034 0.0051 -0.0025 0.0096 -0.0071 -0.0029 0.0118 -0.0063 -0.0104 -0.0058 0.0131 -0.0141 11.714 12.8708 7.5785
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 {A|88 - A|97} A88 - 97 2 X-RAY DIFFRACTION 2 {A|98 - A|110} A98 - 110 3 X-RAY DIFFRACTION 3 {A|111 - A|130} A111 - 130 4 X-RAY DIFFRACTION 4 {A|131 - A|148} A131 - 148 5 X-RAY DIFFRACTION 5 {A|149 - A|165} A149 - 165