PDB-4ps2: Structure of the C-terminal fragment (87-165) of E.coli EAEC TssB...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ps2

タイトル

Structure of the C-terminal fragment (87-165) of E.coli EAEC TssB molecule

要素

Putative type VI secretion protein

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / helices bundle / T6SS contractile sheath / TssC

機能・相同性

Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / metal ion binding / Type VI secretion protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Douzi, B. / Logger, L. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Cascales, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Mapping the tube-sheath interface within the Type VI secretion system tail
著者: Douzi, B. / Logger, L. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Cascales, E.

履歴

登録	2014年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ps2.cif.gz	44.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ps2.ent.gz	31.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ps2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4ps2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4ps2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dy6-1 6dye-1 4oyc-1 5xzi-d 6dyk-3 3uyb-1 6dyk-4 1nn7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative type VI secretion protein

ヘテロ分子

9.38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative type VI secretion protein

ヘテロ分子

A: Putative type VI secretion protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.640, 69.150, 45.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Putative type VI secretion protein 分子量: 9279.812 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 88-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 042 / EAEC / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3GU37
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Zinc acetate 0.2 M, PEG3350 20%, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月29日
放射	モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→42 Å / Num. obs: 5921 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1730 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
SHELXS		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→41.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9277 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9224 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2168	568	9.61 %	RANDOM
R_work	0.1809	-	-	-
all	0.1847	5913	-	-
obs	0.1847	5913	99.92 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.0435 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.6765 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.206 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	639	0	2	84	725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	639	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.97	864	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	237	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	17	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	91	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	639	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.49
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.32
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	86	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	828	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2→2.24 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	133	8.12 %
R_work	0.1841	1505	-
all	0.1861	1638	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0491	-0.1447	-0.0178	0.0583	-0.0504	0.0266	0.0002	-0.0041	-0.0034	0.0025	0.0007	0.0045	-0.0035	-0.002	-0.0009	0.0014	0.0042	0.0041	-0.015	0.0004	0.0126	7.4473	32.832	2.1026
2	0	-0.0864	0.1534	0.0272	-0.0888	0.0875	0.0007	-0.0016	0.0029	0.0007	0.002	0	-0.0011	0.0073	-0.0027	0.0111	-0.0172	-0.0151	-0.0005	0.0411	-0.0135	17.3379	35.9035	6.7293
3	0.0748	-0.0986	0.3317	0.1274	-0.1938	0.0041	0.0007	-0.0083	0.0096	0.0028	0.0057	0.0046	0.0043	-0.0086	-0.0064	-0.0162	0.006	-0.021	0.0014	0.019	0.0093	7.8842	17.1467	-2.4363
4	0.188	-0.0967	-0.1212	0.2033	-0.0379	0.195	0.0012	-0.0112	0.0061	-0.008	0.0048	-0.0017	0.0134	-0.0021	-0.006	-0.002	-0.0047	0.0009	-0.0045	0.0065	0.0059	16.006	10.8196	-1.7868
5	0.0009	-0.0863	0.3348	0.0948	-0.2756	0.1629	-0.0022	-0.007	-0.0024	0.0034	0.0051	-0.0025	0.0096	-0.0071	-0.0029	0.0118	-0.0063	-0.0104	-0.0058	0.0131	-0.0141	11.714	12.8708	7.5785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|88 - A\|97}	A	88 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|98 - A\|110}	A	98 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|111 - A\|130}	A	111 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|131 - A\|148}	A	131 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|149 - A\|165}	A	149 - 165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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