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- PDB-4prf: A Second Look at the HDV Ribozyme Structure and Dynamics. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4prf
タイトルA Second Look at the HDV Ribozyme Structure and Dynamics.
要素
  • Hepatitis Delta virus ribozyme
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / HDV / ribozyme / RNA / U1A / precursor / TRANSLATION-RNA COMPLEX / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.395 Å
データ登録者Kapral, G.J. / Jain, S. / Noeske, J. / Doudna, J.A. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: New tools provide a second look at HDV ribozyme structure, dynamics and cleavage.
著者: Kapral, G.J. / Jain, S. / Noeske, J. / Doudna, J.A. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年10月29日ID: 1VC7
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Hepatitis Delta virus ribozyme
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1414
ポリマ－35,9662
非ポリマー1752
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.944, 108.944, 191.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-217-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 Hepatitis Delta virus ribozyme


分子量: 24467.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA occurs from Hapatitis Delta Virus pathogen, in vitro transcription with pUc19
#2: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1 snRNP A / U1-A / U1A


分子量: 11498.472 Da / 分子数: 1 / Fragment: U1A_RBD, UNP residues 98-173 / Mutation: Y31H, Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#3: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: SrCl2, NaCl, MPD, Sodium Cacodylate, Spermine-HCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0781, 0.9787, 0.9795, 0.9797
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月16日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07811
20.97871
30.97951
40.97971
反射解像度: 2.395→50 Å / Num. all: 17315 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.56
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.395→35.528 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 854 5.07 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2005 16844 96 %-
all-17315 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.395→35.528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数759 1577 2 42 2380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6443828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.771200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.395-2.54520.36821430.31392364X-RAY DIFFRACTION86
2.5452-2.74170.34181480.29392621X-RAY DIFFRACTION96
2.7417-3.01750.32581280.25772681X-RAY DIFFRACTION97
3.0175-3.45380.25281460.19982715X-RAY DIFFRACTION99
3.4538-4.35020.22221650.17212740X-RAY DIFFRACTION99
4.3502-35.53180.21961240.1732869X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0653-1.3092-0.13591.3412-0.18063.3235-0.0769-0.0281-0.4372-0.12840.0523-0.21790.20140.0433-0.00010.45050.00380.07880.3729-0.01860.491639.274944.217790.9949
20.9015-0.48340.10614.1578-1.32531.0061-0.20570.09560.64950.02360.1023-0.3835-0.7865-0.1345-0.12061.20470.0936-0.06510.50020.00120.722534.726881.57975.9757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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