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- PDB-4pr8: URATE OXIDASE AZIDE URIC ACID TERNARY complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pr8
タイトルURATE OXIDASE AZIDE URIC ACID TERNARY complex
要素Uricase
キーワードOXYGEN BINDING / INHIBITION / DEGRADATION MECHANISM / PEROXISOME / PURINE METABOLISM / HETEROTETRAMER / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / URIC ACID / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Colloc'h, N. / Prange, T.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Azide inhibition of urate oxidase.
著者: Gabison, L. / Colloc'h, N. / Prange, T.
#1: ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Analysis of Urate Oxidase in Complex with its Natural Substrate Inhibited by Cyanide: Mechanistic Implications.
著者: Gabison, L. / Prange, T. / Colloc'h, N. / Hajji, M.E. / Castro, B. / Chiadmi, M.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Derived calculations
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4595
ポリマ－34,1841
非ポリマー2754
水5,441302
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,83520
ポリマ－136,7344
非ポリマー1,10116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area27680 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area42430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.577, 95.155, 104.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-URC / URIC ACID / 7,9-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6,8(3H)-TRIONE / 尿酸


分子量: 168.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O3
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch method / pH: 8.5
詳細: URATE OXIDASE COMPLEXED WITH 8-NITROXANTHINE (RED CRYSTALS-3LD4) SOAKED IN URIC ACID SOLUTION. AFTER LIGAND EXCHANGE, (COLORLESS CRYSTALS) THE CRYSTALS WERE INCUBATED WITH SODIUM AZIDE 0.3M, ...詳細: URATE OXIDASE COMPLEXED WITH 8-NITROXANTHINE (RED CRYSTALS-3LD4) SOAKED IN URIC ACID SOLUTION. AFTER LIGAND EXCHANGE, (COLORLESS CRYSTALS) THE CRYSTALS WERE INCUBATED WITH SODIUM AZIDE 0.3M, 18% PEG8000, TRIS BUFFER PH=8.5 FOR 1/2 H., BATCH METHOD, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.938 / 波長: 0.938 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月21日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.158→47 Å / Num. all: 65154 / Num. obs: 65154 / % possible obs: 80.8 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.158-1.282.50.2722.112011134.2
1.28-102.50.05564.497842197.15

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解析

ソフトウェア
名称分類
MxCuBEデータ収集
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4FSK

4fsk


解像度: 1.16→11 Å / Num. parameters: 18181 / Num. restraintsaints: 21705 / σ(F): 4
StereochEM target val spec case: NONE OTHER REFINEMENT REMARKS: MAIN CHAIN ATOMS (C, N, O, CA) ANISOTROPICALLY REFINED AS WELL AS WATER MOLECULES AND SODIUM ION. HYDROGENS KEPT AT THEORETICAL PLACES
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: MAIN CHAIN ATOMS (C, N, O, CA) ANISOTROPICALLY REFINED AS WELL AS WATER MOLECULES AND SODIUM ION. HYDROGENS KEPT AT THEORETICAL PLACES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.184 --
obs0.184 65154 80.9 %
all-65154 -
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 2294 / Occupancy sum non hydrogen: 2684.4
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 19 302 2683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0256
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0703
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.4012
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.0465
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.0574
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.0263
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0413
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.0603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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