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- PDB-4pr7: KdgM porin in complex with disordered oligogalacturonate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pr7
タイトルKdgM porin in complex with disordered oligogalacturonate
要素Oligogalacturonate-specific porin KdgM
キーワードOUTER MEMBRANE PROTEIN / beta barrel / oligogalacturonate specificity / transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pectin metabolic process / oligosaccharide transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity / porin activity / pore complex / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Oligogalacturonate-specific porin / Oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM) / monomeric porin ompg / : / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OCTANE / Oligogalacturonate-specific porin KdgM
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hutter, C. / Peneff, C.M. / Wirth, C. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the oligogalacturonate-specific KdgM porin.
著者: Hutter, C.A. / Lehner, R. / Wirth, C.h. / Condemine, G. / Peneff, C. / Schirmer, T.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligogalacturonate-specific porin KdgM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5148
ポリマ－25,5461
非ポリマー1,9687
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.8569, 59.7311, 51.5959
Angle α, β, γ (deg.)90.0000, 106.5412, 90.0000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Oligogalacturonate-specific porin KdgM


分子量: 25546.006 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-236 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dickeya dadantii (バクテリア) / 株: 3937 / 遺伝子: kdgM, Dda3937_03362 / プラスミド: pKSM717 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)omp8/pLys / 参照: UniProt: Q934G3
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 898.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2112A-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#4: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 22% MPD, 36 mM digalacturonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→59.74 Å / Num. all: 11990 / Num. obs: 11990 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.86 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.9198
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.1-2.212.090.312.442961141977.47
2.21-2.352.410.262.793859160293.2
2.35-2.512.760.2434390159397.97
2.51-2.713.130.213.284750151898.68
2.71-2.973.160.135.254343137598.83
2.97-3.323.160.087.923980126099.15
3.32-3.833.160.067.613492110699.13
3.83-4.73.120.0412.2300796399.57
4.7-6.643.110.0413.12230874199.65
6.64-59.742.990.0314.74123341397.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 4FQE

4fqe


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 10.542 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2455 576 4.8 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
all0.21 11896 --
obs0.21 11896 93.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.99 Å2 / Biso mean: 33.262 Å2 / Biso min: 7.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å2-0.01 Å2
2---1.19 Å2-0 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1417 0 135 41 1593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.962015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.63533356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8275165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.60822.59777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.71115240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5411512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02385
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 32 -
Rwork0.202 562 -
all-594 -
obs--62.26 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.539 Å / Origin y: 1.135 Å / Origin z: 2.237 Å
111213212223313233
T0.032 Å20.0056 Å2-0.0146 Å2-0.0246 Å20.0057 Å2--0.0652 Å2
L1.5074 °20.1857 °20.2489 °2-2.6115 °20.1413 °2--0.046 °2
S-0.0189 Å °-0.1019 Å °0.0291 Å °0.1214 Å °0.0087 Å °0.0265 Å °0.0003 Å °-0.0166 Å °0.0102 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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