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万見
- PDB-4pr3: Crystal structure of Brucella melitensis 5'-methylthioadenosine/S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pr3
タイトルCrystal structure of Brucella melitensis 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
要素5'-methylthioadenosine nucleosidase / s-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / mixed alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


methylthioadenosine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside metabolic process
類似検索 - 分子機能
5-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase, putative / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / PHOSPHATE ION / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / s-adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.606 Å
データ登録者Zhang, X.C. / Kang, X.S. / Zhao, Y. / Jiang, D.H. / Li, X.M. / Chen, Z.L.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and biochemical studies of Brucella melitensis 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
著者: Kang, X.S. / Zhao, Y. / Jiang, D.H. / Li, X.M. / Wang, X.P. / Wu, Y. / Chen, Z.L. / Zhang, X.C.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine nucleosidase / s-adenosylhomocysteine nucleosidase
B: 5'-methylthioadenosine nucleosidase / s-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9637
ポリマ－50,4112
非ポリマー5525
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.326, 97.326, 175.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 5'-methylthioadenosine nucleosidase / s-adenosylhomocysteine nucleosidase


分子量: 25205.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌)
株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEII0888 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8YBL1, methylthioadenosine nucleosidase, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20%(w/v) PEG-1000, 0.1M phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 15654 / Num. obs: 15654 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 40.66 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.606→37.377 Å / FOM work R set: 0.8162 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.41 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 1528 9.94 %RANDOM
Rwork0.2222 ---
obs0.2262 15368 98.22 %-
all-15368 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.38 Å2 / Biso mean: 21.55 Å2 / Biso min: 4.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.606→37.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 0 36 70 3030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9874069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8051072
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6064-2.69050.3511210.26821162128393
2.6905-2.78660.34111320.24541210134296
2.7866-2.89820.29761350.22461207134298
2.8982-3.030.28641380.22771226136498
3.03-3.18970.26841350.22261230136598
3.1897-3.38940.23171380.21671243138199
3.3894-3.65090.27331390.2091258139799
3.6509-4.01790.23471430.195612741417100
4.0179-4.59840.24791440.193112961440100
4.5984-5.79010.23721460.227913131459100
5.7901-37.38110.26771570.253914211578100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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