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- PDB-4pq9: Crystal Structure of a Beta-1,3-glucanase from Mycobacterium marinum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pq9
タイトルCrystal Structure of a Beta-1,3-glucanase from Mycobacterium marinum
要素Beta-1,3-glucanase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Glycosyl hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-1,3-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a Beta-1,3-glucanase from Mycobacterium marinum
著者: Dranow, D.M. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2014年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-glucanase
B: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6538
ポリマ－58,1002
非ポリマー5536
水10,052558
1
A: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3705
ポリマ－29,0501
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2843
ポリマ－29,0501
非ポリマー2342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.120, 46.840, 51.840
Angle α, β, γ (deg.)109.450, 95.630, 99.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Beta-1,3-glucanase


分子量: 29049.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: MMAR_2902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HE62
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MCSG1(a7): 25% PEG3350, Bis-Tris:HCl, pH=5.5, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 121825 / Num. obs: 114838 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 12.164 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.2-1.230.1319.5432653826491.3
1.23-1.260.11910.6131906801491.5
1.26-1.30.10511.9231366788792.2
1.3-1.340.0961330457765292.6
1.34-1.390.08414.8129746747992.9
1.39-1.430.06917.528854725793.6
1.43-1.490.06219.3827998705593.9
1.49-1.550.05422.0127068682194.5
1.55-1.620.04625.5226041657494.6
1.62-1.70.04128.1424776626595.2
1.7-1.790.03631.7923952606595.8
1.79-1.90.03135.9922457571296
1.9-2.030.02839.8520943536996.6
2.03-2.190.02643.3719629506096.9
2.19-2.40.02545.4518165467497.4
2.4-2.680.02447.2916438425297.7
2.68-3.10.02250.3414424373398.1
3.1-3.790.0252.5611861313096.8
3.79-5.370.0252.458780235894.1
5.370.02150.174506121789.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3rq0

3rq0


解像度: 1.2→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / WRfactor Rfree: 0.1512 / WRfactor Rwork: 0.1237 / FOM work R set: 0.9295 / SU B: 0.882 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0369 / SU Rfree: 0.0359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1435 5619 4.9 %RANDOM
Rwork0.1176 ---
obs0.1189 114838 94.38 %-
all-120457 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.25 Å2 / Biso mean: 10.217 Å2 / Biso min: 2.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.08 Å20.19 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3696 0 35 558 4289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.024021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.9055535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80438028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1225511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72922.913206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.79615548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5851533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2220.8471910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2220.8471909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6131.282396
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.65537511
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.8965148
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.6157763
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.135 411 -
Rwork0.107 7837 -
all-8248 -
obs--91.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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