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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pq6 | ||||||
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タイトル | A sperm whale myoglobin single mutant L29E Mb with native His93 coordination | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / Alpha Helix bundle / Nitrite reductase / Heme | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ying-Wu, L. / Xiang-shi, T. / Wei, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Regulating the coordination state of a heme protein by a designed distal hydrogen-bonding network. 著者: Du, J.F. / Li, W. / Li, L. / Wen, G.B. / Lin, Y.W. / Tan, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17382.104 Da / 分子数: 1 / 変異: L29E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MB / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate, 30% w/v Polyethylene glycol 8,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, temperature 277.0K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 52132 / Num. obs: 27042 / % possible obs: 51.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4IT8 解像度: 1.45→30.591 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 18.54 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.566 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→30.591 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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