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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pq1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure and functional implications of a DsbF homologue from Corynebacterium diphtheriae | ||||||
![]() | Putative electron transport related protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin-like region / reductant / oxidant | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Um, S.H. / Kim, J.S. / Yoon, B.Y. / Ha, N.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a DsbF homologue from Corynebacterium diphtheriae. 著者: Um, S.H. / Kim, J.S. / Lee, K. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17307.289 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-186 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCTC 13129 / 遺伝子: DIP0411 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M tris-HCl, 30% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.097→36.181 Å / Num. all: 19396 / Num. obs: 18081 / % possible obs: 93.22 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 25.65 Å2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.53 Å2 / Biso mean: 34.04 Å2 / Biso min: 14.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.097→36.181 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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