PDB-4pph: Crystal structure of conglutin gamma, a unique basic 7S globulin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pph

タイトル

Crystal structure of conglutin gamma, a unique basic 7S globulin from lupine seeds

要素

Conglutin gamma

キーワード

PLANT PROTEIN / lupine cotyledons / non-storage role / 7S basic globulin / glycoside-hydrolase-inhibitor-like protein / apigenin glycosides / N-linked glycosylation / insulin

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Lupinus angustifolius (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.009 Å

データ登録者

Czubinski, J. / Barciszewski, J. / Gilski, M. / Lampart-Szczapa, E. / Jaskolski, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of gamma-conglutin: insight into the quaternary structure of 7S basic globulins from legumes.
著者: Czubinski, J. / Barciszewski, J. / Gilski, M. / Szpotkowski, K. / Debski, J. / Lampart-Szczapa, E. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2014年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Advisory / Database references / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software Item: _citation.journal_abbrev / _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pph.cif.gz	928.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pph.ent.gz	776 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/4pph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/4pph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3aupS 1t6e 3hd8 3vla 3vlb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k8p-d 3c1n-d 3wnw-d 30135 3flp-d 4cmr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conglutin gamma

B: Conglutin gamma

C: Conglutin gamma

D: Conglutin gamma

E: Conglutin gamma

F: Conglutin gamma

ヘテロ分子

276 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.990, 121.990, 188.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Conglutin gamma / Conglutin gamma 1 分子量: 45411.059 Da / 分子数: 6 断片: Lupinus angustifolius Conglutin gamma,UNP residues 33-449 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lupinus angustifolius (マメ科) / 参照: UniProt: Q42369

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 826分子

#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7% PEG 6000, 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月7日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→43.76 Å / Num. all: 208256 / Num. obs: 208256 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.86 % / B_iso Wilson estimate: 42.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.22
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.86 % / R_merge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AUP, chain A

3aup

解像度: 2.009→43.764 Å / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.18 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	999	0.48 %
R_work	0.1446	-	-
obs	0.1457	208256	99.54 %
all	-	208256	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.009→43.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17982	0	236	794	19012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	18741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.425	25374
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.071	6654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	2906
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0097-2.1157	0.2504	142	0.2434	29380	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1157-2.2482	0.2516	143	0.2196	29717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2482-2.4218	0.2256	143	0.1945	29648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4218-2.6655	0.224	142	0.1787	29676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6655-3.0511	0.1804	144	0.1646	29705	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0511-3.8437	0.1656	143	0.1384	29607	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8437-43.7745	0.1342	142	0.1024	29486	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9139	-0.9379	-0.4579	1.6025	-0.1608	1.149	0.2287	0.9438	0.1828	-0.4379	-0.1732	-0.0545	0.0291	-0.0722	-0.0465	0.309	0.0507	0.0095	0.427	0.0457	0.2044	115.9456	75.0278	-14.3344
2	3.2912	-0.6176	-0.1977	2.1906	0.1983	1.4886	0.0924	0.7012	0.2818	-0.3112	-0.0351	0.1414	-0.0925	-0.1554	-0.0514	0.246	0.0442	0.0137	0.3487	0.1015	0.2178	110.1069	80.5227	-9.917
3	6.7922	-0.5108	-1.5336	2.1641	-0.316	1.1499	0.0609	-0.2697	0.6051	0.2461	0.061	0.1176	-0.1497	0.07	-0.114	0.2482	0.0535	-0.0059	0.2549	-0.0043	0.1937	96.1259	82.1801	4.9256
4	7.3472	-0.1339	0.1297	1.8667	-0.073	1.719	-0.0269	1.2692	0.2376	-0.3136	-0.0274	0.743	-0.0754	-0.5161	0.0408	0.2795	0.0395	-0.0681	0.5635	-0.0085	0.4799	77.4627	74.137	-7.942
5	5.1212	1.3232	-0.0288	3.4031	0.3884	1.6213	0.0345	0.4957	0.4868	-0.162	-0.0082	0.3907	-0.1058	-0.2572	-0.0145	0.197	0.0707	0.024	0.3004	0.053	0.2898	90.0422	82.2625	-1.8552
6	1.8301	-1.9697	-1.1686	5.4543	-0.6445	2.4266	-0.133	-0.2434	-0.2272	0.5109	0.1832	0.1981	0.0683	-0.0495	-0.0309	0.2138	0.0205	0.0052	0.3027	0.0157	0.2047	72.3894	37.2586	31.3354
7	1.3617	-1.6454	-1.0453	6.9625	-0.3704	1.8521	-0.0481	-0.3931	-0.2263	0.5916	0.1489	0.0799	0.1287	0.2766	-0.0544	0.1991	0.0141	-0.0675	0.2933	0.0296	0.247	82.8771	27.7288	27.043
8	2.2954	-0.6771	-1.7505	6.5507	0.8517	2.5676	-0.142	-0.4447	0.191	0.4364	0.2283	-0.7461	0.1988	0.6865	-0.0662	0.2305	0.0595	-0.0497	0.3533	-0.0385	0.3491	90.0469	24.3552	20.6982
9	2.6082	-0.5525	-0.3556	3.1143	0.3402	1.7615	-0.0035	-0.2228	-0.0116	0.2096	0.0986	0.0307	-0.0001	0.0676	-0.0937	0.2252	0.0174	-0.0174	0.2472	0.0253	0.1881	74.3569	35.5336	25.6714
10	2.1496	-0.323	-0.9255	2.814	-0.9956	2.9051	0.0231	0.14	0.1136	-0.0699	0.1412	0.7205	-0.0952	-0.4939	-0.15	0.1819	0.014	-0.0335	0.2369	0.0002	0.3696	62.7635	46.8811	16.6023
11	2.8693	0.0842	0.4387	6.7903	-0.6985	4.0727	0.1482	0.0766	0.6021	0.0694	0.012	-0.0697	-0.5522	0.2336	-0.1442	0.1919	-0.0226	0.0751	0.2075	-0.0058	0.337	77.5618	63.5295	15.6797
12	0.0191	0.36	0.139	7.0389	1.672	4.837	-0.0003	-0.6995	0.7115	0.8825	-0.0935	0.1876	-0.8728	-0.3523	0.0126	0.5933	-0.0448	0.1328	0.486	-0.1874	0.6737	75.258	73.6749	29.9195
13	4.9044	0.406	0.9058	9.6878	4.1131	2.0211	0.1577	-0.1859	0.2928	-0.2442	-0.2894	0.8696	-0.5419	-0.6897	0.1063	0.2925	0.0085	0.0654	0.2526	0.0531	0.5337	66.2641	61.342	15.3646
14	3.31	1.0309	-0.5604	4.6047	0.3466	2.8568	0.0485	-0.3068	0.2699	0.2393	-0.0379	0.4458	-0.2805	-0.0926	-0.0193	0.1979	0.0563	0.0063	0.1901	0.0217	0.2573	68.1245	53.7836	23.3341
15	5.7064	-1.2307	-0.8673	3.5268	0.2454	0.6272	0.0238	0.5504	0.0853	-0.8549	-0.2069	0.7299	-0.0401	-0.2406	0.154	0.4497	-0.0236	-0.2111	0.2749	-0.0228	0.3563	65.7144	20.4191	-6.1758
16	6.3194	-0.4991	0.395	2.4984	0.5118	3.4346	0.1549	0.9084	0.2449	-0.8898	-0.0836	0.3411	-0.4375	0.0761	-0.0521	0.52	0.0045	-0.0884	0.3025	0.0403	0.2668	71.2092	39.7027	-5.4687
17	1.6923	-0.0148	-0.2873	3.1104	-0.1243	2.0865	0.0045	0.3054	-0.1895	-0.5797	0.0425	0.4877	0.1062	-0.129	-0.0506	0.3213	-0.0031	-0.1558	0.2332	-0.0162	0.3135	67.8428	21.1363	-1.9221
18	6.347	-1.4071	-0.0279	4.1234	-0.2541	1.585	-0.1024	-0.3004	-0.536	0.2083	0.0715	0.4246	0.0899	-0.1011	0.0268	0.2767	0.006	-0.0343	0.1554	-0.0089	0.2146	73.712	7.823	9.5988
19	7.2408	-6.5561	0.2007	9.2237	-1.907	2.6958	0.1611	0.2247	-0.2255	-0.5344	-0.2348	-0.3806	0.1428	0.2802	0.0566	0.2703	-0.0189	0.0377	0.1875	-0.015	0.3422	91.2326	2.5545	-3.1595
20	3.6122	-2.7017	-0.2574	7.8492	2.4126	8.4421	0.3288	0.7038	-0.8272	-1.1858	-0.3902	0.4393	1.2652	-0.4483	0.0381	0.6921	0.0309	0.0336	0.4294	-0.1367	0.6275	86.9071	-10.1757	-14.3421
21	5.6186	2.8162	2.5185	5.5874	2.4928	9.2455	0.1741	-0.1009	-0.8118	0.2544	0.0504	-0.0742	0.2391	-0.147	-0.3694	0.3166	0.0558	-0.016	0.2889	0.007	0.4526	83.9643	-2.1603	5.0355
22	3.3018	-1.3263	-1.3641	3.1868	0.3684	2.7175	0.0688	0.3492	-0.4323	-0.3864	-0.1324	0.3894	0.1764	-0.2027	0.0432	0.3013	0.024	-0.0887	0.1766	-0.0264	0.3415	75.844	3.5381	-0.8034
23	2.8974	1.659	-0.1241	4.6917	-1.4399	1.7316	0.2709	-0.5764	0.2485	0.9444	-0.1351	0.1853	-0.4355	0.0409	-0.0971	0.426	0.0365	0.1035	0.4125	-0.0521	0.2356	135.0264	16.2836	17.2816
24	3.0528	1.0093	0.3484	1.1164	-0.1255	0.8682	0.0628	-0.4841	-0.2461	0.1903	-0.0294	0.2207	-0.0271	-0.1155	-0.0206	0.2855	0.0627	0.1092	0.3046	0.078	0.3445	122.8233	1.2242	11.7919
25	4.7203	-0.1773	-0.6278	1.5836	0.0486	2.1226	-0.1167	-0.5792	-0.5574	0.2506	0.1599	0.3426	0.1347	-0.3138	-0.0354	0.279	0.0505	0.1081	0.3459	0.1109	0.4522	115.8097	-7.9139	13.1728
26	4.8692	2.6562	-1.5738	4.3163	-0.3434	1.6037	-0.4327	0.7135	-0.204	-0.8249	0.4361	-0.1499	0.2615	-0.123	-0.0214	0.3816	-0.0552	0.0437	0.3648	-0.0205	0.2179	138.801	13.2351	-18.9831
27	5.7643	2.7939	-1.4085	7.0159	-1.2842	0.6682	-0.5121	0.7534	0.1787	-0.8688	0.6383	0.862	0.086	-0.685	-0.0432	0.3425	-0.0649	-0.0572	0.5328	0.1049	0.4185	121.1034	12.1166	-14.113
28	4.4555	1.0256	-0.4326	2.8382	-0.0182	1.4571	-0.3119	0.5189	0.0743	-0.5934	0.3051	-0.0588	0.1157	-0.0811	-0.0092	0.3444	-0.092	0.0584	0.3316	-0.0313	0.1929	137.4013	14.4159	-18.1345
29	2.0207	1.714	-0.1111	4.2563	-0.0001	1.3207	-0.0246	-0.0402	-0.1151	0.0381	-0.0205	-0.3985	0.0335	0.1943	0.0593	0.2112	0.0058	0.0497	0.2537	-0.0062	0.2285	149.6257	19.8879	-6.5326
30	4.6107	1.3712	1.6491	6.3525	0.9769	2.1799	-0.3232	0.2536	1.0693	-1.0283	0.2705	-0.1031	-0.6076	0.0649	0.0261	0.457	-0.004	0.0981	0.268	0.0572	0.5585	148.2209	46.3069	-12.5314
31	5.6264	1.3461	0.4285	6.5833	-1.688	7.9185	-0.378	0.9874	0.3875	-1.084	0.201	-0.8591	0.0027	0.98	0.1379	0.5247	-0.0708	0.1713	0.3743	-0.0095	0.7024	152.4386	42.8935	-16.4313
32	5.5221	-1.4779	-0.9183	6.6027	0.5271	2.8274	-0.05	0.0552	-0.05	-0.1514	0.0911	-0.6285	0.0767	0.2834	0.0068	0.2314	-0.0382	0.0618	0.2358	-0.0059	0.2935	155.6467	25.517	-9.9901
33	5.9449	0.3864	-1.9569	1.0654	1.3113	2.693	0.0286	-0.6724	0.0192	0.3582	0.0918	-0.2085	-0.1053	0.1917	-0.1174	0.336	-0.0156	-0.0934	0.2514	-0.0096	0.2587	130.2407	76.6442	20.773
34	3.8951	-0.53	0.9453	2.0919	1.1813	1.3872	0.0713	-0.678	-0.3717	0.5779	0.0025	0.119	0.3437	-0.3552	-0.0447	0.3636	-0.0247	0.0157	0.3328	0.1144	0.2305	111.7435	67.7486	19.523
35	3.7248	0.5835	-0.3314	2.9211	-0.1833	1.9097	0.0517	-0.2555	0.0079	0.2745	-0.0263	-0.4119	-0.0725	0.0813	-0.0106	0.2105	0.0319	-0.046	0.1818	-0.0093	0.2021	128.1497	76.2185	14.9921
36	5.4866	2.7114	-0.0773	6.9015	2.0264	4.3385	-0.1	0.2245	-0.1837	-0.1659	0.1747	-0.8562	-0.1815	0.1606	-0.0849	0.1679	0.0924	-0.0368	0.1402	0.0507	0.2968	138.7936	73.1649	1.3326
37	5.9485	-3.2208	-3.256	3.2477	1.4372	5.2054	-0.1013	-0.2192	-0.2042	0.0637	0.1686	-0.8452	0.3739	0.4234	-0.084	0.2583	0.0084	-0.0509	0.2123	-0.0121	0.6739	147.3299	56.0201	4.1087
38	4.6121	-3.4318	4.2479	2.6536	-2.4692	8.1984	-0.1325	-0.4383	0.2716	0.6724	0.0865	-0.7326	-0.2582	1.0167	0.083	0.5781	0.0674	-0.3198	0.6375	-0.0111	1.2808	159.9681	54.9611	16.6848
39	7.6604	-1.4536	3.6872	6.613	-1.1448	2.0268	-0.0127	0.4756	0.167	-0.1651	0.0685	-1.2768	-0.344	1.0186	0.0205	0.2893	-0.0142	0.0969	0.3685	0.0027	0.8002	149.8245	66.0189	1.5864
40	2.4388	-1.8799	-1.1918	5.3317	-1.5736	4.1736	-0.0459	-0.3838	-0.3949	0.6654	0.0842	-0.7093	0.3739	0.5081	-0.0551	0.3103	0.0938	-0.1221	0.3339	0.0385	0.5491	146.2387	59.4138	13.7874
41	5.2724	3.5144	2.933	5.1267	3.537	8.519	-0.0037	-0.0056	0.0529	0.0912	0.1138	-0.6666	-0.2631	0.4832	-0.0793	0.2154	0.0188	-0.0304	0.1727	0.0389	0.4073	142.8916	79.0371	7.5733

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 198 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 199 through 275 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 276 through 330 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 331 through 416 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 11 through 46 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 47 through 70 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 71 through 106 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 107 through 198 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 199 through 247 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 248 through 302 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 303 through 330 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 331 through 349 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 350 through 416 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 11 through 60 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 61 through 106 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 107 through 198 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 199 through 247 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 248 through 302 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 303 through 330 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 331 through 349 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 350 through 417 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 10 through 106 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 107 through 317 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 318 through 417 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 11 through 70 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 71 through 106 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 107 through 162 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 163 through 241 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 242 through 312 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 313 through 372 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 373 through 416 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 10 through 46 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 47 through 106 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 107 through 215 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 216 through 241 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 242 through 302 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 303 through 330 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 331 through 349 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 350 through 383 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 384 through 416 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
糖 , 3種, 5分子

-
非ポリマー , 2種, 826分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-糖 , 3種, 5分子

-非ポリマー , 2種, 826分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
糖 , 3種, 5分子

-
非ポリマー , 2種, 826分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)