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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pop | ||||||
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タイトル | ThiT with LMG139 bound | ||||||
要素 | Thiamine transporter ThiT | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / S-component / Thiamine-binding protein / ECF module / Membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Swier, L.J.Y.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015 タイトル: Structure-Based Design of Potent Small-Molecule Binders to the S-Component of the ECF Transporter for Thiamine. 著者: Swier, L.J. / Monjas, L. / Guskov, A. / de Voogd, A.R. / Erkens, G.B. / Slotboom, D.J. / Hirsch, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pop.cif.gz | 167.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pop.ent.gz | 134.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4pop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4pop | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21231.480 Da / 分子数: 2 / 断片: ThiT / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) 株: NZ9000 / 遺伝子: llmg_0334, LLNZ_01755, thiT / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: A2RI47 #4: 糖 | ChemComp-BNG / |
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-非ポリマー , 9種, 129分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 化合物 | ChemComp-PG4 / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PGE / | #9: 化合物 | ChemComp-P6G / | #10: 化合物 | ChemComp-P33 / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.68 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15 M NH4NO3, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.000002 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000002 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→47.772 Å / Num. all: 33165 / Num. obs: 33165 / % possible obs: 99.09 % / Observed criterion σ(I): 1 / Net I/σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.2648 Å / % possible all: 0.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.772 Å / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.772 Å
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拘束条件 |
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