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- PDB-4pol: Crystal structures of thioredoxin with mesna at 2.8A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pol
タイトルCrystal structures of thioredoxin with mesna at 2.8A resolution
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Protein repair / cellular detoxification of hydrogen peroxide / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / negative regulation of protein export from nucleus / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / positive regulation of DNA binding / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes ...positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Protein repair / cellular detoxification of hydrogen peroxide / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / negative regulation of protein export from nucleus / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / positive regulation of DNA binding / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to nitric oxide / Detoxification of Reactive Oxygen Species / The NLRP3 inflammasome / protein-disulfide reductase activity / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / cell redox homeostasis / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to radiation / Oxidative Stress Induced Senescence / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-THIOETHANESULFONIC ACID / Thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sridhar, V. / Chie-Leon, B. / Badger, J. / Nienaber, V.L. / Hausheer, F.H.
引用ジャーナル: J Pharmacol Clin Toxicol / 年: 2014
タイトル: BNP7787 Forms Novel Covalent Adducts on Human Thioredoxin and Modulates Thioredoxin Activity
著者: Parker, A.R. / Nienaber, V.L. / Petluru, P.N. / Sridhar, V. / Leverett, B.D. / Ayala, P.Y. / Zhao, M. / Chie-Leon, B. / Jair, K. / Kochat, H. / Badger, J. / Hausheer, F.H.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thioredoxin
C: Thioredoxin
D: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7738
ポリマ－48,2044
非ポリマー5694
水00
1
A: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3353
ポリマ－12,0511
非ポリマー2842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3353
ポリマ－12,0511
非ポリマー2842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0511
ポリマ－12,0511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0511
ポリマ－12,0511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Thioredoxin
ヘテロ分子

B: Thioredoxin
ヘテロ分子

C: Thioredoxin
D: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7738
ポリマ－48,2044
非ポリマー5694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area4640 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21880 Å2
手法PISA
6


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.478, 57.923, 94.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Thioredoxin / Trx / ATL-derived factor / ADF / Surface-associated sulphydryl protein / SASP


分子量: 12051.055 Da / 分子数: 4 / 変異: E13K, D16K, E95K, E103K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TXN, TRDX, TRX, TRX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10599
#2: 化合物
ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M KCl, 60 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48 Å / Num. all: 11124 / Num. obs: 11124 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1533 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PO4

4po4


解像度: 2.8→47.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / SU B: 18.543 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.497 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31232 531 4.8 %RANDOM
Rwork0.24475 ---
obs0.24794 10588 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å2-0.08 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3252 0 28 0 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8851.9684558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6585420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21426.496137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.7115615
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.33922112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6252.53402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.52131269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9174.51156
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.504 38
Rwork0.353 740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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