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- PDB-4pnh: Crystal structure of D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pnh
タイトルCrystal structure of D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase from Burkholderia Thailandensis
要素D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / GMHB / ALPHA/BETA / PHOSPHATASE / D / D-HEPTOSE 1 / 7-BISPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase / Histidinol-phosphate phosphatase / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Kim, M.S. / Shin, D.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
national research foundation of Korea2013R1A1A1A05008769, 2010-0003907 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase from Burkholderia Thailandensis
著者: Kim, M.S. / Shin, D.H.
履歴
登録2014年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年6月24日ID: 4JYR
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Derived calculations
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
B: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
C: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
D: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
E: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
F: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
G: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
H: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
I: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
J: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
K: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
L: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,42212
ポリマ－256,42212
非ポリマー00
水1629
1
A: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
H: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
I: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
J: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
K: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
L: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2116
ポリマ－128,2116
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
C: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
D: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
E: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
F: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
G: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2116
ポリマ－128,2116
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)245.904, 245.904, 41.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase


分子量: 21368.496 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I0583 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2T109, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 1.3M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月12日
放射モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→48.86 Å / Num. obs: 70758 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.66→2.71 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1420) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→35.01 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 3945 5.58 %
Rwork0.2142 --
obs0.2162 70718 87.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→35.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13968 0 0 9 13977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01214189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17319116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1025160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6597-2.70540.33631850.30543268X-RAY DIFFRACTION81
2.7054-2.75450.32961780.29723466X-RAY DIFFRACTION84
2.7545-2.80740.32311770.28583331X-RAY DIFFRACTION85
2.8074-2.86460.33141620.28513521X-RAY DIFFRACTION88
2.8646-2.92670.29811730.2713558X-RAY DIFFRACTION88
2.9267-2.99460.32431760.26643563X-RAY DIFFRACTION87
2.9946-3.06920.30781920.25793463X-RAY DIFFRACTION88
3.0692-3.1520.31122110.25083665X-RAY DIFFRACTION90
3.152-3.24440.27141900.22333483X-RAY DIFFRACTION87
3.2444-3.34870.2191900.21543485X-RAY DIFFRACTION88
3.3487-3.46790.25562130.21133580X-RAY DIFFRACTION87
3.4679-3.60610.25511380.21692755X-RAY DIFFRACTION70
3.6061-3.76930.23991600.19473162X-RAY DIFFRACTION77
3.7693-3.96680.2121560.18393334X-RAY DIFFRACTION84
3.9668-4.21350.22791910.18513419X-RAY DIFFRACTION85
4.2135-4.53580.20251770.1623455X-RAY DIFFRACTION86
4.5358-4.98670.19761700.15673289X-RAY DIFFRACTION83
4.9867-5.69580.25241780.2023275X-RAY DIFFRACTION82
5.6958-7.12940.26531690.23183183X-RAY DIFFRACTION79
7.1294-21.03910.25941530.22892860X-RAY DIFFRACTION71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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