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- PDB-4pnf: Glutathione S-Transferase from Drosophila melanogaster - isozyme E6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pnf
タイトルGlutathione S-Transferase from Drosophila melanogaster - isozyme E6
要素RE21095p
キーワードTRANSFERASE / glutathione S-transferase / isozyme / glutathione complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / RE21095p
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Scian, M. / Le Trong, I. / Mannervik, B. / Atkins, W.M. / Stenkamp, R.E.
資金援助 米国, スウェーデン, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF0051 米国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Comparison of epsilon- and delta-class glutathione S-transferases: the crystal structures of the glutathione S-transferases DmGSTE6 and DmGSTE7 from Drosophila melanogaster.
著者: Scian, M. / Le Trong, I. / Mazari, A.M. / Mannervik, B. / Atkins, W.M. / Stenkamp, R.E.
履歴
登録2014年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE21095p
B: RE21095p
C: RE21095p
D: RE21095p
E: RE21095p
F: RE21095p
G: RE21095p
H: RE21095p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,38116
ポリマ－205,9228
非ポリマー2,4598
水13,133729
1
A: RE21095p
B: RE21095p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0954
ポリマ－51,4812
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
2
C: RE21095p
D: RE21095p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0954
ポリマ－51,4812
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
3
E: RE21095p
F: RE21095p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0954
ポリマ－51,4812
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
4
G: RE21095p
H: RE21095p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0954
ポリマ－51,4812
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.566, 208.494, 86.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RE21095p


分子量: 25740.250 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: GstE6, CG17530
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q7JZM3
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG4000, 10% 2-propanol, 2 mM GSH, 10 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→39.897 Å / Num. all: 102285 / Num. obs: 102285 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 11.238 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 347743
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.11-2.222.90.3342.336497127630.2360.3343.382.7
2.22-2.363.50.2892.750752144540.1810.2894.998.5
2.36-2.523.50.1993.947094135920.1250.1996.698.5
2.52-2.723.50.1455.443778126120.0910.1458.998.3
2.72-2.983.50.17.941176116960.0620.112.599
2.98-3.343.40.06312.435998105440.040.06318.698.3
3.34-3.853.50.03819.83261893090.0240.03829.499
3.85-4.723.40.02727.62704778700.0170.02739.798.4
4.72-6.673.50.02826.32110960830.0180.02837.898.4
6.67-39.8973.50.01830.31167433620.0120.01853.198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→39.897 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.482 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 5089 5 %RANDOM
Rwork0.1828 97133 --
obs0.1861 102222 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.8 Å2 / Biso mean: 34.655 Å2 / Biso min: 16.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å2-0 Å21.36 Å2
2---3.04 Å20 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→39.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13985 0 160 729 14874
Biso mean--30.63 33.55 -
残基数----1757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01914473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.97719692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.901331802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37951749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.44124.313640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.951152368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0041562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02116245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3653.3657020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3653.3647019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3555.0348761
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 263 -
Rwork0.239 5152 -
all-5415 -
obs--69.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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