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- PDB-4pnc: E. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR 7-MET... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pnc
タイトルE. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR 7-METHOXY-2-METHYLEN-3,4-DIHYDRONAPHTHALEN-1(2H)-ONE
要素Methionine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE(ALPHA-AMINOACYLPEPTIDE) / METAL COMPLEX / METHIONINE AMINOPEPTIDASE / COVALENT INHIBITOR / 1-TETRALONE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7NP / : / Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Scheidig, A.J. / Altmeyer, M. / Klein, C.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Deutsche Krebshilfe ドイツ
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Beta-aminoketones as prodrugs for selective irreversible inhibitors of type-1 methionine aminopeptidases.
著者: Altmeyer, M. / Amtmann, E. / Heyl, C. / Marschner, A. / Scheidig, A.J. / Klein, C.D.
履歴
登録2014年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22014年12月10日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42017年9月27日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist
改定 1.52019年11月20日Group: Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total ..._refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7326
ポリマ－29,3421
非ポリマー3905
水8,557475
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.010, 66.820, 48.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase / MetAP / Peptidase M


分子量: 29341.775 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: map, BN17_45901, BU34_07510, ECs0170, LF82_1274 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3TPN7, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-7NP / (2S)-7-methoxy-2-methyl-3,4-dihydronaphthalen-1(2H)-one / Bound form of 7-METHOXY-2-(PIPERIDIN-1-YLMETHYL)-3,4-DIHYDRONAPHTHALEN-1(2H)-ONE HYDROCHLORDIDE / 2β-メチル-7-メトキシテトラリン-1-オン


分子量: 190.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14O2
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PEG 4000, COBALT CHLORIDE, HEPES, METHIONINE, SODIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, PH 7.1
PH範囲: 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月12日 / 詳細: MONTEL MIRRORS
放射モノクロメーター: Montel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→30 Å / Num. obs: 61073 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.883 Å2 / Rsym value: 0.025 / Net I/σ(I): 31.09
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 3.01 % / Mean I/σ(I) obs: 10.67 / Rsym value: 0.113 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
HKL2Mapモデル構築
SHELXCD位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.54→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.023 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16533 1566 5 %RANDOM
Rwork0.13205 ---
obs0.13373 29747 91.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0.41 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.54→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 18 475 2525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0192259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2721.9763078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96335121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3975300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65624.4998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.56515423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4281514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.30.9271119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.210.9231118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9551.3841415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9831.3881416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5111.2411140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.511.2421141
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.811.7421652
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.78210.9993153
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.349.3442830
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.545→1.584 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 97 -
Rwork0.155 1854 -
obs--78.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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