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- PDB-4pmj: Crystal structure of a putative oxidoreductase from Sinorhizobium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pmj
タイトルCrystal structure of a putative oxidoreductase from Sinorhizobium meliloti 1021 in complex with NADP
要素Putative oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / putative oxidoreductase / NADP / limited proteolysis.
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Szlachta, K. / Zimmerman, M.D. / Hillerich, B.S. / Gizzi, A. / Toro, R. / Bonanno, J. / Seidel, R. ...Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Szlachta, K. / Zimmerman, M.D. / Hillerich, B.S. / Gizzi, A. / Toro, R. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-5U54GM094662-04 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative oxidoreductase from Sinorhizobiummeliloti 1021 in complex with NADP
著者: Gasiorowska, O.A. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Szlachta, K. / Zimmerman, M.D. / Hillerich, B.S. / Gizzi, A. / Toro, R. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Data collection
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年4月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9213
ポリマ－31,0851
非ポリマー8352
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.324, 78.897, 79.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative oxidoreductase


分子量: 31085.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: R02112, SMc01429 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q92NR7, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The protein was expressed with His tag and subjected to limited proteolysis by chymotrypsin

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 ul of 14 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-II condition #42 (1.1 M Ammonium Tartrate ...詳細: 0.2 ul of 14 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-II condition #42 (1.1 M Ammonium Tartrate Dibasic pH 7.0) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours.
Temp details: Rigaku Gallery 700

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 14760 / Num. obs: 14450 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136 / Net I/av σ(I): 11.4 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
HKL-3000データスケーリング
SHELXDE位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 12.06 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.201 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21676 731 5.1 %RANDOM
Rwork0.16725 ---
obs0.16977 13677 97.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2--1 Å2-0 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2127 0 54 115 2296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192233
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6622.0063041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94734877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7685282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14522.91796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32815337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0631523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7491.171125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7451.1691124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2571.7521405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2581.7531406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3041.391108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3011.391108
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0052.0231636
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.7210.3972562
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.71910.4122563
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 41 5.1 %
Rwork0.254 854 -
obs--85.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.82975.86088.89862.75664.627315.0278-0.29610.20920.8333-0.14810.07120.4564-10.20790.22490.12260.00850.09810.1695-0.04620.2894-11.0728.8714.897
22.0874-0.70990.36884.9306-1.97745.07540.041-0.0753-0.11430.0482-0.14-0.15170.30.32160.09910.02530.01220.00150.2772-0.01070.1447-3.601-7.09116.002
33.87821.32281.99461.95083.03724.73490.0307-0.1549-0.04560.0912-0.024-0.02140.1435-0.0269-0.00670.0092-0.01040.0110.2767-0.01560.1522-8.212-2.22915.244
44.0791-1.4199-0.34194.0803-1.13325.11640.0108-0.6165-0.09680.7674-0.03880.06890.4179-0.16860.02810.2689-0.085200.4594-0.03880.2243-12.623-8.87217.234
52.1343-0.1255-0.25954.35911.72371.7567-0.0666-0.1401-0.10310.05590.1217-0.0830.0879-0.0143-0.05510.0075-0.00460.01290.27570.02430.1419-16.356-13.3314.293
62.20240.1486-0.03670.58220.48182.5439-0.06280.0317-0.1693-0.02680.04510.11360.067-0.05120.01770.0063-0.001-0.00040.26490.00790.1828-17.529-13.5952.1
73.32430.7915-0.46891.0195-0.2171.2682-0.03730.17780.0803-0.08750.0712-0.0010.0297-0.0196-0.03390.00820.00240.00230.25990.01230.1166-9.487-5.654-5.791
85.9099-2.65773.51732.42-2.75283.77740.18270.19230.1076-0.09-0.187-0.03690.13940.2110.00430.00940.02550.01250.2503-0.02030.1506-1.616-1.745-1.509
92.44590.7257-0.69651.28080.5841.85220.1489-0.1350.26550.0195-0.0084-0.1717-0.23160.2481-0.14050.039-0.02370.0160.3192-0.01740.27287.1446.1956.244
102.88292.9836-5.55079.9998-11.524926.3777-0.52580.1417-0.3171-0.5007-0.0513-0.65570.59460.24080.57710.1096-0.03790.06660.23410.00750.12374.083-9.386-9.16
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3A38 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4A57 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5A75 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6A98 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7A133 - 183
8X-RAY DIFFRACTION8A184 - 203
9X-RAY DIFFRACTION9A204 - 273
10X-RAY DIFFRACTION10A274 - 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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