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- PDB-4pmh: The structure of rice weevil pectin methyl esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pmh
タイトルThe structure of rice weevil pectin methyl esterase
要素Pectinesterase
キーワードHYDROLASE / beta-barrel / pectin methyl esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


pectinesterase / pectinesterase activity / : / cell wall modification / pectin catabolic process / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pectinesterase, Asp active site / Pectinesterase signature 2. / Pectinesterase, catalytic / Pectinesterase / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sitophilus oryzae (ココクゾウムシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Stenkamp, R.E. / Teller, D.C. / Behnke, C.A. / Reeck, G.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: The structure of rice weevil pectin methylesterase.
著者: Teller, D.C. / Behnke, C.A. / Pappan, K. / Shen, Z. / Reese, J.C. / Reeck, G.R. / Stenkamp, R.E.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectinesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0441
ポリマ－39,0441
非ポリマー00
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.429, 73.939, 204.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-693-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pectinesterase


分子量: 39044.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sitophilus oryzae (ココクゾウムシ)
遺伝子: CE8-1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: E7CIP7, pectinesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE TWO AMINO ACID SEQUENCES FOR THIS MOLECULE: AAW28928 AND ADU33259. FOR SEVEN OF THE EIGHT ...THERE ARE TWO AMINO ACID SEQUENCES FOR THIS MOLECULE: AAW28928 AND ADU33259. FOR SEVEN OF THE EIGHT POSITIONS WHERE THEY DIFFER, THE CRYSTALLOGRAPHIC MODEL WAS GENERATED WITH THE ADU33259 SEQUENCE. AT RESIDUE 61, ALANINE FROM THE AAW28928 SEQUENCE IS MORE CONSISTENT WITH THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.79→99 Å / Num. obs: 23540 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 0.837 / Net I/av σ(I): 12.704 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 95040
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-IDRejects% possible all
1.79-1.850.29613570.571050.7
1.85-1.930.27518930.6331070.3
1.93-2.010.21821380.6651078.8
2.01-2.120.17422220.7121082.1
2.12-2.250.13523500.7541086.1
2.25-2.430.1225250.7871091.7
2.43-2.670.10726550.8761097.1
2.67-3.060.08727350.9551099.2
3.06-3.850.0827691.0971099.4
3.85-990.06628960.7941098.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.619 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 1203 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 22284 --
obs0.1756 23487 85.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.01 Å2 / Biso mean: 18.957 Å2 / Biso min: 10.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å2-0 Å20 Å2
2--2.63 Å2-0 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2753 0 0 299 3052
Biso mean---36.39 -
残基数----366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.933849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76535762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2835365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29324.75120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6515410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0741510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0831.7591463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0791.7591462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7842.6351827
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 57 -
Rwork0.245 843 -
all-900 -
obs--45.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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