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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4plx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the triple-helical stability element at the 3' end of MALAT1 | |||||||||
要素 | Core ENE hairpin and A-rich tract from MALAT1 | |||||||||
キーワード | RNA / Triple helix / RNA stability element / MALAT1 / long noncoding RNA | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Brown, J.A. / Bulkley, D. / Wang, J. / Valenstein, M.L. / Yario, T.A. / Steitz, T.A. / Steitz, J.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: Structural insights into the stabilization of MALAT1 noncoding RNA by a bipartite triple helix. 著者: Brown, J.A. / Bulkley, D. / Wang, J. / Valenstein, M.L. / Yario, T.A. / Steitz, T.A. / Steitz, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4plx.cif.gz | 243 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4plx.ent.gz | 198.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4plx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4plx_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4plx_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4plx_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4plx_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/4plx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/4plx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: A / End label comp-ID: A / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 75 / Label seq-ID: 2 - 75
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24573.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: malat1 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Folded RNA was combined with an equal volume of the reservoir solution (50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 18 mM magnesium chloride, 2.5 mM spermine and 9% isopropanol) |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 17565 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 17.2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.1→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 42.238 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.1→48.2 Å
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拘束条件 |
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