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- PDB-4pka: Crystal structure of patatin aged with diisopropylphosphorofluoridate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pka
タイトルCrystal structure of patatin aged with diisopropylphosphorofluoridate
要素Patatin-17
キーワードHYDROLASE / alpha/beta class fold with approximately three layers / serine hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerophospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / nutrient reservoir activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / vacuole / lipid catabolic process / defense response
類似検索 - 分子機能
Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Solanum cardiophyllum (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wijeyesakere, S.J. / Richardson, R.J. / Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Army Research OfficeDAAD19-02-1-0388 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES07062 米国
University of Michigan Rackham School of Graduate Studies 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Patatin-17 in Complex with Aged and Non-Aged Organophosphorus Compounds.
著者: Wijeyesakere, S.J. / Richardson, R.J. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Patatin-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3871
ポリマ－41,3871
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
X: Patatin-17

X: Patatin-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7732
ポリマ－82,7732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area26010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.990, 52.990, 242.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Patatin-17


分子量: 41386.535 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum cardiophyllum (ナス科) / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD41
参照: UniProt: Q8LPW4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 46% v/v PEG400, 75 mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.332 Å / Num. all: 10963 / Num. obs: 10963 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 58.06 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 995 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→44.332 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9259 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8819 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2781 529 4.83 %RANDOM
Rwork0.2099 ---
obs0.2131 10963 95.3 %-
all-10963 --
原子変位パラメータBiso mean: 45.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4786 Å20 Å20 Å2
2--1.4786 Å20 Å2
3----2.9573 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.338 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2772 0 0 37 2809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092827HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.063842HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1308SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes77HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes403HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2827HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion384SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3509SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.85 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3478 137 5.79 %
Rwork0.2396 2229 -
all0.2459 2366 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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