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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pka | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of patatin aged with diisopropylphosphorofluoridate | ||||||||||||
要素 | Patatin-17 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta class fold with approximately three layers / serine hydrolase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / nutrient reservoir activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / vacuole / lipid catabolic process / defense response 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Solanum cardiophyllum (ナス科) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wijeyesakere, S.J. / Richardson, R.J. / Stuckey, J.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Crystal Structure of Patatin-17 in Complex with Aged and Non-Aged Organophosphorus Compounds. 著者: Wijeyesakere, S.J. / Richardson, R.J. / Stuckey, J.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pka.cif.gz | 83.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pka.ent.gz | 61.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pka.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pka_validation.pdf.gz | 429.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pka_full_validation.pdf.gz | 431.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pka_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pka_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/4pka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/4pka | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41386.535 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum cardiophyllum (ナス科) / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD41 参照: UniProt: Q8LPW4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 46% v/v PEG400, 75 mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97626 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono |
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→44.332 Å / Num. all: 10963 / Num. obs: 10963 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 58.06 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 995 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 87.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→44.332 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9259 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8819 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.37 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.338 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.332 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.85 Å / Total num. of bins used: 6
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