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- PDB-4pk9: The Crystal Structure of Native Patatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pk9
タイトルThe Crystal Structure of Native Patatin
要素Patatin-17
キーワードHYDROLASE / alpha/beta class fold with approximately three layers / serine hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase activity / monoacylglycerol lipase activity / nutrient reservoir activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / vacuole / lipid catabolic process / defense response
類似検索 - 分子機能
Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Solanum cardiophyllum (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Wijeyesakere, S.J. / Stuckey, J.A. / Richardson, R.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Army Research OfficeDAAD19-02-1-0388 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES07062 米国
Michigan Economic Development Corporation085P1000817 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Patatin-17 in Complex with Aged and Non-Aged Organophosphorus Compounds.
著者: Wijeyesakere, S.J. / Richardson, R.J. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Patatin-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2641
ポリマ－41,2641
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Patatin-17

A: Patatin-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5292
ポリマ－82,5292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.316, 53.316, 244.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-444-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Patatin-17


分子量: 41264.480 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum cardiophyllum (ナス科) / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD41
参照: UniProt: Q8LPW4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 49% v/v PEG400, 225 mM cesium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→48.885 Å / Num. all: 26718 / Num. obs: 24922 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.55 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 76.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OXW

1oxw


解像度: 1.96→22.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9285 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9147 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum likelihood refinement in AUTOBUSTER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 1263 5.09 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1943 24814 93.2 %-
all-24814 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3709 Å20 Å20 Å2
2--2.3709 Å20 Å2
3----4.7418 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.206 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→22.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2782 0 0 127 2909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012882HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.993921HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1341SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes415HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2882HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.05 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 122 4.86 %
Rwork0.1838 2390 -
all0.1855 2512 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4109-0.0753-0.25860.79010.04630.25770.02810.04960.031-0.0759-0.0383-0.06940.0160.03460.0102-0.02140.00760.0187-0.01250.0028-0.0243-17.331722.9761-21.601
20.0002-0.16840.03351.81050.02640-0.0029-0.0542-0.02550.0198-0.01120.08660.00470.00620.0141-0.0184-0.00540.0146-0.0176-0.0030.01-30.278833.4338-16.8004
30.18850.02460.08410.41590.12430.5131-0.01760.01540.0434-0.004-0.00210.0678-0.0384-0.02440.0196-0.03270.01160.0236-0.0227-0.0105-0.0103-22.933129.8881-8.4054
41.0470.97570.30981.1705-0.08480.8135-0.0058-0.067-0.04080.1109-0.091-0.0556-0.06560.05120.0968-0.00920.0088-0.0002-0.0158-0.0036-0.0146-18.171519.5261-1.7776
51.24191.55520.16492.34770.08850.53880.0018-0.0121-0.02150.0753-0.0385-0.13180.11950.03040.0366-0.03240.03570.049-0.0509-0.0131-0.0171-14.94929.618-12.6818
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|24 - A|146 }A24 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|147 - A|181 }A147 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|182 - A|285 }A182 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|286 - A|331 }A286 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|332 - A|382 }A332 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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