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- PDB-4pj5: Structure of human MR1-Ac-6-FP in complex with human MAIT TRBV6-1 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pj5
タイトルStructure of human MR1-Ac-6-FP in complex with human MAIT TRBV6-1 TCR
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
  • TCR-alpha
  • TCR-beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / MR1 / MAIT TCR / Ac-6-FP / Immune complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein binding / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30W / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2014
タイトル: A molecular basis underpinning the T cell receptor heterogeneity of mucosal-associated invariant T cells.
著者: Eckle, S.B. / Birkinshaw, R.W. / Kostenko, L. / Corbett, A.J. / McWilliam, H.E. / Reantragoon, R. / Chen, Z. / Gherardin, N.A. / Beddoe, T. / Liu, L. / Patel, O. / Meehan, B. / Fairlie, D.P. ...著者: Eckle, S.B. / Birkinshaw, R.W. / Kostenko, L. / Corbett, A.J. / McWilliam, H.E. / Reantragoon, R. / Chen, Z. / Gherardin, N.A. / Beddoe, T. / Liu, L. / Patel, O. / Meehan, B. / Fairlie, D.P. / Villadangos, J.A. / Godfrey, D.I. / Kjer-Nielsen, L. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2014年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 0 : statistics at the very beginning when nothing is done yet

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: TCR-alpha
E: TCR-beta
F: Beta-2-microglobulin
G: TCR-alpha
H: TCR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,04210
ポリマ－187,5758
非ポリマー4662
水23,5641308
1
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
G: TCR-alpha
H: TCR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0215
ポリマ－93,7884
非ポリマー2331
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: TCR-alpha
E: TCR-beta
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0215
ポリマ－93,7884
非ポリマー2331
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)216.676, 69.872, 142.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ACBFDGEH

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-292 / 変異: C261S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 TCR-alpha


分子量: 22650.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#4: タンパク質 TCR-beta


分子量: 27546.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21

-
非ポリマー , 2種, 1310分子

#5: 化合物 ChemComp-30W / N-(6-formyl-4-oxo-3,4-dihydropteridin-2-yl)acetamide / Acetyl 6-formylpterin / 2-(アセチルアミノ)-4-オキソ-3,4-ジヒドロプテリジン-6-カルボアルデヒド


分子量: 233.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7N5O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium acetate, bis-tris-propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 139217 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.87 Å2 / Net I/σ(I): 14

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→39.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9481 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9239 / SU R Cruickshank DPI: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 7015 5.04 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1823 139210 99.33 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5393 Å20 Å24.2448 Å2
2---3.4162 Å20 Å2
3---0.8768 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.216 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12735 0 1340 1308 15383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113149HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0317915HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5893SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes341HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1920HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13149HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1665SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15299SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 505 5.29 %
Rwork0.2067 9049 -
all0.208 9554 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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