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- PDB-4piw: Crystal structure of sugar aminotransferase WecE from Escherichia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4piw
タイトルCrystal structure of sugar aminotransferase WecE from Escherichia coli K-12
要素TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
キーワードTRANSFERASE / sugar aminotransferase / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase activity / enterobacterial common antigen biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase WecE-like / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase WecE / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase WecE-like / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase WecE / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, F. / Xu, W. / Helmich, K.E. / Singh, S. / Yennamalli, R.M. / Miller, M.D. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM098248 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of sugar aminotransferase WecE from Escherichia coli K-12
著者: Wang, F. / Xu, W. / Helmich, K.E. / Singh, S. / Yennamalli, R.M. / Bingman, C.A. / Miller, M.D. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Data collection
改定 2.02017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_audit_support ...entity / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
B: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
C: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
D: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
E: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
F: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
G: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
H: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,6408
ポリマ－359,6408
非ポリマー00
水5,188288
1
A: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
B: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9102
ポリマ－89,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25850 Å2
手法PISA
2
C: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
D: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9102
ポリマ－89,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
3
E: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
F: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9102
ポリマ－89,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25830 Å2
手法PISA
4
G: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein
H: TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9102
ポリマ－89,9102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.341, 87.483, 161.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.100, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose transaminase family protein


分子量: 44955.012 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: wecE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N2U028, UniProt: P27833*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution (10~25 mg/ml, 25 mM Tris or HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.1 M Sodium Acetate, 0.1 M MES pH6.5, 30% (w/v) PEG 2000 MME), ...詳細: Protein solution (10~25 mg/ml, 25 mM Tris or HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.1 M Sodium Acetate, 0.1 M MES pH6.5, 30% (w/v) PEG 2000 MME), cryoprotected with 27% PEG 2000 MME and 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月17日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.15
反射解像度: 2.7→48.8 Å / Num. all: 275071 / Num. obs: 90907 / % possible obs: 84.23 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.1109 / Net I/σ(I): 10.31

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1678)位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1678)精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ensemble model of 1MDO, 3DR7, 3FRK, 4LC3 and 4OCA

1mdo

3dr7

3frk

4lc3

4oca


解像度: 2.7→48.801 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 34.67 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: THE ACTIVE SITE CONTENTS ARE LIKELY TO BE A MIXTURE OF NON-BOUND PLP, COVALENTLY BOUND LYSINE-PLP AND PMP. ONLY COVALENTLY BOUND LYSINE-PLP (LLP) WAS BUILT IN DUE TO THE DATA RESOLUTION LIMIT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 1709 1.97 %
Rwork0.2363 --
obs0.2372 86559 89.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.93 Å2 / Biso mean: 41.2807 Å2 / Biso min: 5.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.801 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22629 0 0 288 22917
Biso mean---35.38 -
残基数----2888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50331341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4458420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.78720.3211480.30038292X-RAY DIFFRACTION95
2.7872-2.88680.32441540.29068324X-RAY DIFFRACTION96
2.8868-3.00230.35651680.27828334X-RAY DIFFRACTION96
3.0023-3.13890.32031550.26488319X-RAY DIFFRACTION96
3.1389-3.30430.30981530.26598343X-RAY DIFFRACTION96
3.3043-3.51120.2881090.2545708X-RAY DIFFRACTION65
3.5112-3.78210.30361220.23166331X-RAY DIFFRACTION72
3.7821-4.16220.2911240.21636701X-RAY DIFFRACTION76
4.1622-4.76350.21571570.20318227X-RAY DIFFRACTION94
4.7635-5.99760.24051560.21388196X-RAY DIFFRACTION93
5.9976-37.69940.21661530.21468166X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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