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万見
- PDB-4pi3: Crystal structure analysis of cruzain bound to vinyl sulfone anal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pi3
タイトルCrystal structure analysis of cruzain bound to vinyl sulfone analog of WRR-483 (WRR-666)
要素Cruzipain
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / cystein protease / cruzain / Chagas Disease / covalent inhibitor / vinyl sulfone derivative / analoge of WRR-483 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cruzipain / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2V5 / Cruzipain
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Tochowicz, A. / McKerrow, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Sharon Reed, UCSDU01AI077822 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Synthesis and Evaluation of Oxyguanidine Analogues of the Cysteine Protease Inhibitor WRR-483 against Cruzain.
著者: Jones, B.D. / Tochowicz, A. / Tang, Y. / Cameron, M.D. / McCall, L.I. / Hirata, K. / Siqueira-Neto, J.L. / Reed, S.L. / McKerrow, J.H. / Roush, W.R.
履歴
登録2014年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.22016年2月10日Group: Database references / Other
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cruzipain
B: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7444
ポリマ－45,5442
非ポリマー1,1992
水8,269459
1
A: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3722
ポリマ－22,7721
非ポリマー6001
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3722
ポリマ－22,7721
非ポリマー6001
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.923, 38.669, 94.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cruzipain / Cruzaine / Major cysteine proteinase


分子量: 22772.186 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 122-337 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25779, cruzipain
#2: 化合物 ChemComp-2V5 / N-[(2S)-5-(carbamimidamidooxy)-1-oxo-1-{[(1E,3S)-5-phenyl-1-(phenylsulfonyl)pent-1-en-3-yl]amino}pentan-2-yl]-4-methylpiperazine-1-carboxamide


分子量: 599.745 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H41N7O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Magnesium acetate, 30% (+/-)-2-Methyl-2,4-Pentanediol and 0.1 M Sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→63.62 Å / Num. obs: 114913 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KKU

3kku


解像度: 1.27→86.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.827 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19741 5804 5 %RANDOM
Rwork0.17391 ---
obs0.17507 109411 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å2-0.16 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.27→86.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 84 459 3727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.023356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5061.944592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5965428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.97725.735136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.35315462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.737156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0212586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.27→1.303 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 391 -
Rwork0.427 7694 -
obs--96.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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