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万見
- PDB-4phh: Crystal structure of Ypt7 covalently modified with GNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4phh
タイトルCrystal structure of Ypt7 covalently modified with GNP
要素GTP-binding protein YPT7
キーワードEndocytosis / exocytosis / Ypt7 / acryl-nucleotides / aGNP / covalent / GNP / GppNHp
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOD GTPase cycle / TBC/RABGAPs / RHOQ GTPase cycle / RAB geranylgeranylation / vacuole-mitochondrion membrane contact site / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / vacuole inheritance / protein localization to vacuole / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...RHOD GTPase cycle / TBC/RABGAPs / RHOQ GTPase cycle / RAB geranylgeranylation / vacuole-mitochondrion membrane contact site / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / vacuole inheritance / protein localization to vacuole / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / piecemeal microautophagy of the nucleus / fungal-type vacuole / fungal-type vacuole membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / vacuole / endosome to lysosome transport / regulation of protein-containing complex assembly / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phagocytic vesicle / macroautophagy / endocytosis / late endosome / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2UK / Ypt/Rab-type GTPase YPT7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wiegandt, D. / Vieweg, S. / Hofmann, F. / Koch, D. / Wu, Y. / Itzen, A. / Mueller, M.P. / Goody, R.S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB642, grant A4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1035, project B05 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Locking GTPases covalently in their functional states.
著者: Wiegandt, D. / Vieweg, S. / Hofmann, F. / Koch, D. / Li, F. / Wu, Y.W. / Itzen, A. / Muller, M.P. / Goody, R.S.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein YPT7
B: GTP-binding protein YPT7
C: GTP-binding protein YPT7
D: GTP-binding protein YPT7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,06515
ポリマ－81,3204
非ポリマー2,74511
水30617
1
A: GTP-binding protein YPT7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0254
ポリマ－20,3301
非ポリマー6953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GTP-binding protein YPT7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0254
ポリマ－20,3301
非ポリマー6953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GTP-binding protein YPT7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9903
ポリマ－20,3301
非ポリマー6602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: GTP-binding protein YPT7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0254
ポリマ－20,3301
非ポリマー6953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.570, 72.230, 82.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GTP-binding protein YPT7


分子量: 20329.973 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-182 / 変異: Q35C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: YPT7, VAM4, YML001W, YM8270.02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32939
#2: 化合物
ChemComp-2UK / 5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-N-[3-(propanoylamino)propyl]guanosine


分子量: 635.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H28N7O14P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7, 25 % PEG 6000, 1 M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.92045 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.18 Å / Num. obs: 29719 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.88 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.28
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / Rsym value: 0.555

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.35→48.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 22.472 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26301 1486 5 %RANDOM
Rwork0.20008 ---
obs0.20331 28232 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.921 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.55 Å20 Å20.26 Å2
2--6.2 Å20 Å2
3---1.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5153 0 167 17 5337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.025406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.9767346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1053.0128462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7525668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.48925.714231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32615865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5551515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 104 -
Rwork0.292 2006 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3993-0.1186-2.19613.48120.60113.1563-0.2684-0.2666-0.0212-0.02720.1121-0.08090.14940.34030.15630.19510.0275-0.04330.28390.0380.046337.3645-13.743844.0305
210.3246-1.4213-0.40933.497-0.11395.6132-0.24610.58820.298-0.3054-0.3847-0.76150.04530.13440.63080.2590.02180.04710.06570.10730.360548.1937-5.80182.2689
38.672-0.23950.19383.39660.0512.8803-0.02580.3230.4667-0.1929-0.212-0.5348-0.1780.42460.23780.249-0.0033-0.00270.31090.10320.223251.833724.759526.6479
49.25520.9151-0.57314.1492-0.64944.36970.1365-0.53740.61510.1791-0.06220.30020.0431-0.0796-0.07430.2002-0.0089-0.04440.0434-0.05560.115318.0758-5.692613.368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION2B8 - 182
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 202
5X-RAY DIFFRACTION3C8 - 182
6X-RAY DIFFRACTION3C201 - 202
7X-RAY DIFFRACTION4D7 - 182
8X-RAY DIFFRACTION4D201 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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