PDB-4phb: Structure of the polysaccharide lyase-like protein Cthe_2159 from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4phb

タイトル

Structure of the polysaccharide lyase-like protein Cthe_2159 from C. thermocellum, Gadolinium derivative

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Beta-helix / Polysaccharide lyase / carbohydrate-binding / Gadolinium

機能・相同性

機能・相同性情報

galacturonan binding / xylan binding / cellulose binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.1781 Å

データ登録者

Close, D.W. / D'Angelo, S. / Bradbury, A.R.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A new family of beta-helix proteins with similarities to the polysaccharide lyases.
著者: Close, D.W. / D'Angelo, S. / Bradbury, A.R.

履歴

登録	2014年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_related ...entity_src_gen / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_related.content_type ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4phb.cif.gz	184.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4phb.ent.gz	122.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4phb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4phb_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4phb_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	4phb_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	4phb_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/4phb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/4phb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4peuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4peu-d 5ai1-1 6b8q-4 3h7h-d 5by4-1 6uk1-2 6mlj-1 4pox-2 1ys9-d 7c6c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
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類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.81, 122.84, 34.5099
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 32859.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_2159 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A3DHD2
#2: 化合物	ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド分子量: 157.250 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 19% PEG 8000, 0.1M MES pH 6.0, and 0.1M Calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.178→34.51 Å / Num. obs: 15967 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.9104968048 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 7.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1685	精密化
HKL-3000	1.9_1685	データ収集
SCALA	(phenix.refine: 1.9_1685)	データスケーリング

精密化

解像度: 2.1781→34.5099 Å / SU ML: 0.250667241819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35725765718 / 位相誤差: 22.9639911101

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234066145504	2949	10.0391489362 %
R_work	0.184037073211	26426	-
obs	0.189038191589	29375	99.3371884617 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.0779786559 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1781→34.5099 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1847	0	12	211	2070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00839201361825	1866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0765357599	2523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0430249892127	296
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037525915428	335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0145179693	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1781-2.2138	0.339519849937	137	0.269315613597	1224	X-RAY DIFFRACTION	96.5933286018
2.2138-2.252	0.321074273073	138	0.258298322851	1243	X-RAY DIFFRACTION	99.7111913357
2.252-2.2929	0.294115256411	147	0.244067640437	1304	X-RAY DIFFRACTION	99.7936726272
2.2929-2.337	0.276949543587	141	0.227236769277	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.2103374013
2.337-2.3847	0.273680841983	139	0.22820591921	1239	X-RAY DIFFRACTION	99.7827661115
2.3847-2.4365	0.336441206002	143	0.232387829311	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.0928122819
2.4365-2.4932	0.297928389447	133	0.230392756884	1254	X-RAY DIFFRACTION	97.8828510939
2.4932-2.5555	0.305448392057	141	0.230247421393	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5555-2.6246	0.260352204348	139	0.217411673327	1258	X-RAY DIFFRACTION	99.0780141844
2.6246-2.7018	0.307314884023	140	0.201840832567	1244	X-RAY DIFFRACTION	98.5053380783
2.7018-2.789	0.223392520963	136	0.188334594928	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.789-2.8886	0.220431543562	143	0.193050449837	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.1578947368
2.8886-3.0042	0.244185823888	141	0.182118811666	1229	X-RAY DIFFRACTION	99.7815003642
3.0042-3.1408	0.257505375361	142	0.170224750033	1289	X-RAY DIFFRACTION	99.2371705964
3.1408-3.3063	0.205991521215	133	0.166215764901	1243	X-RAY DIFFRACTION	99.854862119
3.3063-3.5133	0.199400471072	144	0.153413145248	1281	X-RAY DIFFRACTION	99.8598458304
3.5133-3.7842	0.18641068329	144	0.146627015229	1263	X-RAY DIFFRACTION	99.9289772727
3.7842-4.1645	0.230093093629	145	0.147828527084	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1645-4.7657	0.160624469179	139	0.132140432016	1261	X-RAY DIFFRACTION	99.3612491128
4.7657-5.9992	0.195378930936	140	0.155577060544	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9992-34.5142	0.209439016157	144	0.21099767229	1262	X-RAY DIFFRACTION	99.3639575972

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.05290587038	3.50662593217	1.79718716955	7.70406050867	-2.23164855066	5.38481746579	0.331002411905	0.501667847406	0.690446330244	-0.22924320582	0.0988500853511	-0.122753309942	-0.0113997832849	-0.105106380041	-0.31654088384	0.366673161299	0.0567338831491	0.0219564391546	0.12546707248	0.0315974366737	0.21045845171	30.5567011325	58.0582860982	17.759163635
2	5.31046881961	-2.3352169649	-0.847593634816	2.85902661866	0.948749529127	1.42608670346	0.0208378750333	-0.170483055162	0.526972137742	0.199741846984	0.093250814855	-0.200462069802	0.0709455673123	0.143092677776	-0.115241758046	0.264865131939	-0.00807858048803	0.0168783736707	0.102434620206	0.0162438774471	0.172953644714	31.4635359949	52.9965983309	23.9367979351
3	3.76118971455	0.212493855806	0.292840770565	3.80261042899	0.371665565412	2.01689135797	0.0796073821791	-0.0484869675827	-0.201095353199	0.0390999170936	0.0446200872581	0.184228616929	-0.212751596594	0.000865514197922	-0.124421622258	0.217409965951	-0.0165026697976	0.035735332347	0.0480882207466	0.0227811040836	0.159437009918	28.3773957865	47.6090476391	24.6230266781
4	3.15553205885	0.4994539604	-2.29244598439	5.27058309474	1.53000841848	7.03186173364	0.179953316302	0.108027738299	0.30161888353	-0.0180094092539	-0.130247423291	0.0693255493893	-0.465581067592	-0.658974429229	-0.0828724214537	0.22942979401	0.0417604344707	0.0120630098788	0.124098549584	0.0261268149613	0.151145893905	23.2799384702	45.52796357	27.3661493421
5	5.60132098737	0.729195041315	2.69324415499	1.92209443825	-0.137812196488	3.53033832358	0.128807903131	-0.214194829656	-0.0756233334401	0.12660227448	-0.0182760349493	-0.0664683944837	0.0562094280596	0.0679958921815	-0.0784727351364	0.232138100963	0.013772479104	0.00571080038557	0.0719717127466	0.00789881282434	0.146944399959	34.9391006921	41.7196220897	29.0235407343
6	2.95049990418	0.71756697522	0.28494031572	1.44613444942	0.555938325139	1.18168247876	-0.0411041639956	0.0918366739553	0.039839521005	-0.00354025735876	0.0735008422296	-0.0220262644334	0.0433596841645	-0.0732875167883	-0.0521502797048	0.223442036905	-0.00010100367884	0.00598206109042	0.112547806243	0.0321144767714	0.119100574494	26.6647748054	33.7926185647	24.2077648215
7	5.70913201728	-2.10422560735	-1.12797859429	4.7767077519	1.0477732476	0.37761371806	0.024154981679	-0.660413400924	0.52060768455	0.511374630039	0.099150580309	0.0689881936949	0.227126031026	0.107166318256	-0.1062088333	0.314844668334	-0.0370180175557	0.0213991680108	0.187148103928	-0.0144072107756	0.183602578892	20.22786542	28.3700651775	33.8491875998
8	5.87589879387	0.107298356314	-1.09304094636	2.30593526871	0.0781849067993	1.6535480267	-0.0326239810331	0.298742505915	-0.165357135822	-0.128061441573	0.0441161496715	-0.186731736352	0.213954680453	-0.0991190071578	0.0142497171267	0.362875213731	-0.00648473126555	0.0267553083986	0.127917741562	-0.0172852823739	0.17955678584	23.6080184418	21.5690806079	25.1400489875
9	8.07758213505	1.29368872894	-1.95926938288	5.65957127993	0.581600695335	1.96337996264	-0.249606426466	-0.236468484885	-0.493528477773	0.00412757208506	-0.0821002967046	-0.624775941139	0.684637344328	0.164346488651	0.137008465904	0.446165438422	-0.0505599164446	0.0229340332064	0.117405444505	0.00873951940719	0.187442708247	20.8341110089	16.3476530196	27.7062076217

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resid 37:56)	37 - 56	37 - 56
2	2	(chain A and resid 57:85)	57 - 85	57 - 85
3	3	(chain A and resid 86:108)	86 - 108	86 - 108
4	4	(chain A and resid 109:121)	109 - 121	109 - 121
5	5	(chain A and resid 122:153)	122 - 153	122 - 153
6	6	(chain A and resid 154:212)	154 - 212	154 - 212
7	7	(chain A and resid 213:235)	213 - 235	213 - 235
8	8	(chain A and resid 236:263)	236 - 263	236 - 263
9	9	(chain A and resid 264:284)	264 - 284	264 - 284

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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