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万見
- PDB-4pga: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE FROM PSEUDOMONAS 7A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pga
タイトルGLUTAMINASE-ASPARAGINASE FROM PSEUDOMONAS 7A
要素GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
キーワードBACTERIAL AMIDOHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamin-(asparagin-)ase / glutamin-(asparagin-)ase activity / asparagine metabolic process / asparaginase activity / glutaminase activity / periplasmic space / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. ...L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Glutaminase-asparaginase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. 7A (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jakob, C.G. / Lewinski, K. / Lacount, M.W. / Roberts, J. / Lebioda, L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Ion binding induces closed conformation in Pseudomonas 7A glutaminase-asparaginase (PGA): crystal structure of the PGA-SO4(2-)-NH4+ complex at 1.7 A resolution.
著者: Jakob, C.G. / Lewinski, K. / LaCount, M.W. / Roberts, J. / Lebioda, L.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Refined Crystal Structure of Acinetobacter Glutaminasificans Glutaminase-Asparaginase
著者: Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Housset, D. / Weber, I.T. / Ammon, H.L. / Murphy, K.C. / Swain, A.L.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli L-Asparaginase, an Enzyme Used in Cancer Therapy
著者: Swain, A.L. / Jaskolski, M. / Housset, D. / Rao, J.K. / Wlodawer, A.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: A Left-Handed Crossover Involved in Amidohydrolase Catalysis. Crystal Structure of Erwinia Chrysanthemi L-Asparaginase with Bound L-Aspartate
著者: Miller, M. / Rao, J.K. / Wlodawer, A. / Gribskov, M.R.
履歴
登録1997年1月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
B: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7346
ポリマ－72,5062
非ポリマー2284
水7,296405
1
A: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
B: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
ヘテロ分子

A: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
B: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,46812
ポリマ－145,0124
非ポリマー4568
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area19540 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area36990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.620, 135.800, 137.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMINASE-ASPARAGINASE


分子量: 36252.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AMIDOHYDROLASE, ASPARAGINASE / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. 7A (バクテリア) / 参照: UniProt: P10182, glutamin-(asparagin-)ase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 2.0 M / 一般名: ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→39.31 Å / Num. obs: 68971 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.71→1.77 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 62
反射
*PLUS
Num. all: 79799 / Num. measured all: 178566
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ECA

3eca


解像度: 1.7→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 -10 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 68261 86 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4970 0 12 405 5387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.71→10 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 --
Rwork0.199 68261 -
obs--86 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.SO4TOP.SO4
X-RAY DIFFRACTION3PARAM11.WATWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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