PDB-4pfu: Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide ABC transporte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pfu

タイトル

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (TM1226) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.05 A resolution

要素

ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / oligopeptide ABC transporter / periplasmic oligopeptide-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.049 Å

データ登録者

Lu, X. / Ghimire-Rijal, S. / Cuneo, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
著者: Ghimire-Rijal, S. / Lu, X. / Myles, D.A. / Cuneo, M.J.

履歴

登録	2014年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pfu.cif.gz	484.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pfu.ent.gz	396.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pfu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pfu_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pfu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4pfu_validation.xml.gz	47.3 KB	表示
CIF形式データ	4pfu_validation.cif.gz	71.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pfu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pftC 4pfwC 4pfyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pft-2 3drg-d 6lzs-2 4pft-1 4pfw-1 3klp-1 6lzt-d 1fds-1 6lzs-4 4pfy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter substrate-binding protein

B: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
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1

A: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.911, 193.867, 159.513
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-743- HOH

#1: タンパク質

ABC transporter substrate-binding protein / Mannoside ABC transport system / sugar-binding protein

分子量: 63835.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: THEMA_08200, Tmari_1233 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4FEC0

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose / 4beta-beta-mannobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-mannobiose

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 2.2 M AmSO4, 0.2 M tri-Li Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.049→50 Å / Num. obs: 96558 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.049→2.073 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.049→48.467 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	4824	5 %
R_work	0.1734	-	-
obs	0.1752	96495	98.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.049→48.467 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8869	0	148	813	9830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9499
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.073	13035
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.453	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1338
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1651

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.049-2.0725	0.3053	166	0.2473	2872	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0725-2.0969	0.271	137	0.2249	2978	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0969-2.1225	0.2515	143	0.2246	2966	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1225-2.1494	0.2326	154	0.2124	2972	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1494-2.1776	0.2863	166	0.2109	2934	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1776-2.2075	0.2623	141	0.2167	2995	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2075-2.239	0.2744	157	0.2106	2986	X-RAY DIFFRACTION	96
2.239-2.2724	0.2709	152	0.2018	3015	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2724-2.3079	0.2644	139	0.2026	3012	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3079-2.3458	0.2797	155	0.197	3000	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3458-2.3862	0.2546	172	0.1906	3018	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3862-2.4296	0.2418	196	0.1886	3024	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4296-2.4763	0.2203	172	0.1892	3019	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4763-2.5269	0.246	156	0.1906	3037	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5269-2.5818	0.231	172	0.1833	3055	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5818-2.6419	0.2304	157	0.1806	3081	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6419-2.7079	0.2217	153	0.1778	3071	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7079-2.7811	0.2154	185	0.188	3023	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7811-2.863	0.2198	153	0.1912	3092	X-RAY DIFFRACTION	99
2.863-2.9554	0.2391	161	0.1873	3128	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9554-3.061	0.2419	149	0.195	3067	X-RAY DIFFRACTION	99
3.061-3.1835	0.2451	153	0.179	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1835-3.3284	0.2038	165	0.1777	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3284-3.5038	0.2184	149	0.167	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5038-3.7233	0.1647	152	0.159	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7233-4.0106	0.1671	159	0.1419	3126	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0106-4.414	0.1684	175	0.1365	3138	X-RAY DIFFRACTION	100
4.414-5.0521	0.1727	155	0.1313	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0521-6.3628	0.1743	168	0.1669	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3628-48.4803	0.185	212	0.1803	3271	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6657	0.8153	0.4986	1.1745	-0.2004	2.6545	0.2984	-0.5266	0.175	0.3194	-0.4699	0.3343	0.2439	-0.6651	0.1778	0.2751	-0.1454	0.0156	0.6791	-0.066	0.3751	-44.2904	-50.8084	25.7754
2	2.5179	0.8096	0.3017	1.5268	0.5718	2.2972	0.2233	-0.5975	0.0205	0.2076	-0.1823	-0.0798	0.2671	-0.3589	-0.0616	0.2114	-0.0395	-0.0256	0.3246	0.0166	0.1929	-22.3606	-45.7985	32.9931
3	2.4713	0.4371	0.2693	1.0175	0.161	2.0599	0.3804	-0.9389	-0.2171	0.4604	-0.2132	-0.0643	0.5119	-0.4339	-0.1205	0.4776	-0.2104	-0.0671	0.6412	0.0672	0.2489	-24.6935	-53.0121	43.2356
4	1.6241	0.4634	0.6431	1.1824	0.7667	1.7727	0.2236	-0.715	0.1373	0.1684	-0.3428	0.2853	0.1888	-0.8094	0.0947	0.2277	-0.1006	0.0366	0.6427	-0.0498	0.2824	-40.4825	-48.2084	28.567
5	1.9322	1.0584	0.1946	3.2062	1.5687	1.5078	0.0745	-0.0493	-0.172	-0.1024	0.0194	-0.032	0.1691	-0.1006	-0.0926	0.1979	-0.04	-0.0406	0.2291	0.0213	0.1568	-31.0192	-60.1852	6.8306
6	2.5596	1.3457	1.4263	2.4872	1.474	2.3941	-0.1337	0.3448	-0.0401	-0.2268	0.1491	-0.3253	0.0409	0.2514	-0.0359	0.3164	0.0074	0.0078	0.2843	0.0516	0.3237	-21.3051	-60.5018	5.3128
7	2.0648	1.2141	0.4647	1.5264	0.6805	1.3222	0.2379	-0.2391	-0.4672	0.3006	-0.0985	-0.2702	0.5867	-0.1153	-0.112	0.3966	-0.0314	-0.1133	0.2449	0.1107	0.3354	-33.0024	-72.6782	11.3676
8	2.2395	0.5412	0.5676	2.4444	0.3751	1.7894	0.3484	-0.3096	-0.523	0.3348	-0.0875	-0.666	0.5797	0.128	-0.2397	0.4076	0.0575	-0.1723	0.3231	0.0831	0.4937	-12.7848	-66.8492	21.6269
9	0.8334	0.5904	0.3249	1.8393	0.808	1.9035	0.0674	-0.3024	0.0995	-0.1032	-0.1075	0.3565	-0.0838	-0.3161	0.0443	0.1524	0.0148	-0.0304	0.3065	-0.019	0.2289	-33.6478	-44.36	15.832
10	0.7346	0.1372	-1.0309	3.6548	1.5139	2.2087	0.0101	0.0053	0.0408	-0.0634	-0.1541	-0.3995	-0.2103	0.2644	0.1732	0.1704	-0.0086	0.0001	0.2367	0.0553	0.2381	2.0044	-25.7741	21.5176
11	0.9351	0.3107	0.5486	0.8558	0.4987	1.4078	-0.0384	-0.1688	0.2516	-0.053	-0.1719	0.3155	-0.4012	-0.4975	0.1625	0.2566	0.1242	-0.0246	0.313	-0.0915	0.3256	-20.707	-18.8142	30.5006
12	0.8718	0.3265	0.0888	0.7533	0.1552	2.4012	-0.0441	0.0311	0.033	-0.1281	-0.0706	-0.0342	-0.0705	0.0844	0.1158	0.1449	0.0279	0.002	0.1396	0.0296	0.1813	-3.9982	-28.3285	19.6231
13	3.0281	-0.0739	-0.5313	1.7275	0.198	2.596	-0.2277	0.284	0.3248	-0.1699	-0.0527	0.1461	-0.32	0.0088	0.2327	0.463	0.0267	-0.0814	0.2278	0.0556	0.3388	-11.888	-19.3717	-8.4403
14	1.7903	-0.4833	0.2328	0.9084	0.1907	2.0231	-0.1856	0.4778	0.4359	-0.6031	-0.0417	0.1217	-0.3712	0.0425	0.208	0.5855	0.0097	-0.1043	0.2378	0.0972	0.3598	-11.5401	-17.8303	-10.1124
15	1.4216	0.1597	0.8691	1.3505	-0.2599	1.7605	-0.2684	-0.0762	0.4718	-0.2756	0.0195	0.1603	-0.4461	-0.1904	0.1985	0.3873	0.0856	-0.0787	0.1889	-0.0261	0.3277	-15.1619	-18.1565	6.2341
16	0.9465	1.5671	0.0983	5.8629	0.0424	4.568	-0.0047	-0.0637	0.0136	0.0713	-0.0808	-0.0347	-0.0197	0.0033	0.1142	0.0893	0.0435	0.0268	0.1873	-0.002	0.1643	-8.5307	-36.715	20.102

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 252 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 253 through 301 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 302 through 347 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 348 through 466 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 467 through 505 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 506 through 560 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 51 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 52 through 149 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 150 through 282 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 283 through 320 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 321 through 404 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 405 through 531 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 532 through 561 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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