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- PDB-4pfe: Crystal structure of vsfGFP-0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pfe
タイトルCrystal structure of vsfGFP-0
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta barrel / fusion protein / homodimer / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Jauch, R. / Chen, S.L.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
National Research FoundationNRF-RF2010-10 シンガポール
Agency for Science, Technology, and Research/Genome Institute of Singapore シンガポール
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Rational Structure-Based Design of Bright GFP-Based Complexes with Tunable Dimerization.
著者: Eshaghi, M. / Sun, G. / Gruter, A. / Lim, C.L. / Chee, Y.C. / Jung, G. / Jauch, R. / Wohland, T. / Chen, S.L.
履歴
登録2014年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1222
ポリマ－77,1222
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.426, 83.426, 228.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: 抗体 Green fluorescent protein / vsfGFP-0


分子量: 38561.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: superfolder GFP variant fused Enhancer nanobody
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pBAD33 / 細胞株 (発現宿主): TOP10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE SER 65 HAS BEEN MUTATED TO GLY 65. RESIDUES GLY 65, TYR 66 AND GLY 67 CONSTITUTE THE ...RESIDUE SER 65 HAS BEEN MUTATED TO GLY 65. RESIDUES GLY 65, TYR 66 AND GLY 67 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE CRO 66.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.6 30 %(v/v) PEG 400, 20mM Hepes pH 7.5, 150mM NaCl
PH範囲: 4.6-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.603→47.16 Å / Num. obs: 25661 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 32 % / Biso Wilson estimate: 59.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 20.97
反射 シェル解像度: 2.603→2.696 Å / 冗長度: 28.9 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K1K

3k1k


解像度: 2.603→47.16 Å / FOM work R set: 0.7791 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 1307 5.1 %
Rwork0.1985 24326 -
obs0.2013 25633 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.49 Å2 / Biso mean: 52.98 Å2 / Biso min: 8.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.603→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5414 0 0 141 5555
Biso mean---39.41 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0457487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0922031
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6029-2.70710.35681490.272609275899
2.7071-2.83030.34771380.273426502788100
2.8303-2.97950.3691450.277326642809100
2.9795-3.16620.34111560.254526312787100
3.1662-3.41050.27321380.237726682806100
3.4105-3.75360.26991580.199226872845100
3.7536-4.29650.2281590.176126962855100
4.2965-5.41190.1761370.14727572894100
5.4119-47.16860.24381270.188729643091100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5267-0.1898-0.14473.89651.8524.28740.2095-0.0650.36330.09220.0819-0.3738-0.6550.3653-0.24060.3603-0.10980.06420.3299-0.02590.346332.2126155.191111.5501
22.7332-0.5255-0.24673.28180.34442.37040.18060.0568-0.1807-0.5354-0.1262-0.12570.27390.1541-0.08880.56820.08550.06540.20780.0760.3284-1.8538141.90635.4768
31.6333-0.86521.14662.8167-1.31862.81070.24290.13990.1991-0.3365-0.3799-0.3201-0.46490.66640.10220.84480.00620.17270.1940.03620.3689-4.686169.614724.6139
41.2923-0.7891-0.06043.2420.69572.25890.085-0.0532-0.15290.3727-0.2720.29470.2313-0.63050.11270.2153-0.05940.02850.6827-0.07930.281612.75135.7950.6192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:229)A2 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 230:346)A230 - 346
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 3:229)B3 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 230:345)B230 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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