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万見
- PDB-4peq: Structure of bovine ribonuclease inhibitor complexed with bovine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4peq
タイトルStructure of bovine ribonuclease inhibitor complexed with bovine ribonuclease I
要素
  • Ribonuclease pancreatic
  • Ribonuclease/angiogenin inhibitor 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / leucine-rich repeat / protein-protein complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / cell migration / lamellipodium / nucleic acid binding ...ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / cell migration / lamellipodium / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / P-30 Protein ...Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Alpha-Beta Horseshoe / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.211 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Lomax, J.E. / Raines, R.T. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Functional evolution of ribonuclease inhibitor: insights from birds and reptiles.
著者: Lomax, J.E. / Bianchetti, C.M. / Chang, A. / Phillips, G.N. / Fox, B.G. / Raines, R.T.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Structure summary
改定 1.32014年10月1日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease/angiogenin inhibitor 1
C: Ribonuclease pancreatic
D: Ribonuclease/angiogenin inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,1954
ポリマ－125,1954
非ポリマー00
水10,124562
1
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease/angiogenin inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5972
ポリマ－62,5972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ribonuclease pancreatic
D: Ribonuclease/angiogenin inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5972
ポリマ－62,5972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.792, 123.550, 179.301
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: タンパク質 Ribonuclease/angiogenin inhibitor 1


分子量: 48889.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNH1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3SZN8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1:1 protein solution (20 mM HEPES-NaOH, 10 mM DTT, 2% w/v glycerol, pH 7.5) to well solution (100 mM malic acid/MES/Tris, pH 4.0, 25% PEG1500), cryoprotectant: 100 mM malic acid/MES/Tris, pH ...詳細: 1:1 protein solution (20 mM HEPES-NaOH, 10 mM DTT, 2% w/v glycerol, pH 7.5) to well solution (100 mM malic acid/MES/Tris, pH 4.0, 25% PEG1500), cryoprotectant: 100 mM malic acid/MES/Tris, pH 4.0, 25% PEG1500, 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.2 % / 数: 470079 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.01 / D res high: 2.21 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 65409 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
65010.051.177.1
4.76610.0510.8597.4
4.164.7610.0611.2077.5
3.784.1610.0591.0317.5
3.513.7810.060.9557.5
3.33.5110.0711.0417.6
3.143.310.0891.0957.5
33.1410.1091.0747.5
2.88310.1291.0377.5
2.782.8810.151.0087.4
2.72.7810.1840.987.4
2.622.710.2210.9577.4
2.552.6210.2560.9587.3
2.492.5510.2930.9817.3
2.432.4910.3460.9697.3
2.382.4310.4340.9477.2
2.332.3810.5040.9547
2.292.3310.5580.9556.4
2.252.2910.6320.9436
2.212.2510.7470.9425.6
反射解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 65409 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 27.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.006 / Net I/av σ(I): 22.722 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 470079
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.21-2.255.60.74731800.94299.4
2.25-2.2960.63232500.943100
2.29-2.336.40.55832470.955100
2.33-2.3870.50432320.954100
2.38-2.437.20.43432400.947100
2.43-2.497.30.34632330.969100
2.49-2.557.30.29332370.981100
2.55-2.627.30.25632650.958100
2.62-2.77.40.22132370.957100
2.7-2.787.40.18432280.98100
2.78-2.887.40.1532971.008100
2.88-37.50.12932451.037100
3-3.147.50.10932511.074100
3.14-3.37.50.08932911.095100
3.3-3.517.60.07132681.041100
3.51-3.787.50.0632790.955100
3.78-4.167.50.05932991.031100
4.16-4.767.50.06133281.207100
4.76-67.40.05133250.859100
6-507.10.0534771.1799.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.21 Å49.22 Å
Translation8.38 Å49.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.211→49.224 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 1930 3.24 %
Rwork0.1756 57584 -
obs0.1773 59514 90.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.8 Å2 / Biso mean: 20.5454 Å2 / Biso min: 4.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.211→49.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8673 0 0 562 9235
Biso mean---23.69 -
残基数----1156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19211938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0753288
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.211-2.26590.2984680.21751916198443
2.2659-2.32720.2632920.20362973306566
2.3272-2.39560.26211260.19823873399987
2.3956-2.4730.24781510.18344163431493
2.473-2.56130.231400.18584238437895
2.5613-2.66390.25281480.19234287443596
2.6639-2.78510.2371340.19794341447596
2.7851-2.93190.28831530.19454424457798
2.9319-3.11560.23381530.19984446459998
3.1156-3.35610.26261530.19484501465499
3.3561-3.69370.21221580.164144944652100
3.6937-4.2280.19681430.146545724715100
4.228-5.32580.17011470.147546064753100
5.3258-49.23620.23021640.177347504914100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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