PDB-4pdp: Crystal structure of Rad53 kinase domain and SCD2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pdp

タイトル

Crystal structure of Rad53 kinase domain and SCD2

要素

Serine/threonine-protein kinase RAD53

キーワード

TRANSFERASE / Ser/Thr kinase domain / N-lobe / C-lobe / activation segment exchange

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / meiotic recombination checkpoint signaling / dual-specificity kinase / telomere maintenance in response to DNA damage / negative regulation of DNA damage checkpoint / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / regulation of DNA repair / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / DNA damage checkpoint signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.591 Å

データ登録者

Wybenga-Groot, L.E. / Ho, C.S. / Ceccarelli, D.F. / Sicheri, F.

引用

ジャーナル: Cell Signal. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of Rad53 kinase activation by dimerization and activation segment exchange.
著者: Wybenga-Groot, L.E. / Ho, C.S. / Sweeney, F.D. / Ceccarelli, D.F. / McGlade, C.J. / Durocher, D. / Sicheri, F.

履歴

登録	2014年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pdp.cif.gz	215.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pdp.ent.gz	174.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pdp_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pdp_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	4pdp_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	4pdp_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/4pdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/4pdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pdsC 1ig1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pds-2 4pds-1 6ch3-d 1qsl-d 2kzm-d 2xgp-2 2xgq-2 1d8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase RAD53

B: Serine/threonine-protein kinase RAD53

76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase RAD53

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine-protein kinase RAD53

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.430, 79.070, 227.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase RAD53 / CHEK2 homolog / Serine-protein kinase 1 分子量: 38426.664 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain and SCD2 (UNP residues 170-512) / 変異: A225S,D339A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RAD53, MEC2, SAD1, SPK1, YPL153C, P2588 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22216, dual-specificity kinase

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein kinase RAD53 / CHEK2 homolog / Serine-protein kinase 1

分子量: 38426.664 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain and SCD2 (UNP residues 170-512) / 変異: A225S,D339A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD53, MEC2, SAD1, SPK1, YPL153C, P2588 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22216, dual-specificity kinase

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30% v/v PEG400, 50 mM sodium citrate, 100 mM Tris, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月20日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.591→56.89 Å / Num. obs: 21728 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.591→2.7 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.153 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 70.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
CNS		位相決定
CNS		精密化
REFMAC		精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IG1

1ig1

解像度: 2.591→29.855 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2611	1521	6.98 %	Random
R_work	0.2273	-	-	-
obs	0.2296	21720	98.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.591→29.855 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3880	0	0	0	3880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3944
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.613	5347
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.966	1356
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	635
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	679

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.591-2.6357	0.3461	126	0.3399	1654	X-RAY DIFFRACTION	84
2.6357-2.6836	0.3184	142	0.2988	1871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6836-2.7351	0.3144	151	0.2946	1969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7351-2.7909	0.3088	140	0.2848	1899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7909-2.8516	0.2879	148	0.2784	1905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8516-2.9178	0.3236	143	0.2943	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9178-2.9907	0.2822	143	0.2925	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9907-3.0715	0.2891	147	0.2606	1960	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0715-3.1618	0.3046	145	0.2348	1903	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1618-3.2638	0.2664	143	0.2447	1944	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2638-3.3803	0.2569	142	0.2278	1905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3803-3.5154	0.2561	148	0.2315	1922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5154-3.6751	0.2258	145	0.2341	1977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6751-3.8685	0.2888	144	0.2226	1891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8685-4.1103	0.2511	142	0.2051	1911	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1103-4.4267	0.2393	148	0.1945	1926	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4267-4.8705	0.2501	135	0.1878	1947	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8705-5.5713	0.2426	142	0.2101	1931	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5713-7.0042	0.2739	147	0.2497	1925	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0042-29.8569	0.2446	140	0.2172	1848	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7044	1.6421	0.9604	2.8662	0.2027	1.1274	-0.7566	0.1983	-0.2216	-0.3311	1.1287	0.7354	-0.1102	0.1026	0.1583	1.017	-1.1966	-0.6366	0.801	0.4873	1.0903	17.0502	6.3319	17.3316
2	2.7272	-1.0518	-0.9811	0.3617	0.2501	4.6368	0.3935	-0.0125	0.8933	0.415	-1.1466	0.2519	-1.8879	1.2461	0.2295	1.0701	-0.4084	-0.4367	0.7052	0.191	1.0064	0.9096	1.6973	19.6223
3	1.9524	2.3657	-0.2329	3.1263	0.4484	4.3175	-0.2705	0.1874	0.4698	-0.1174	0.0402	0.1278	-0.5425	0.1202	0.2075	0.6669	-0.3272	-0.2628	0.8054	0.3543	0.703	1.6206	-9.3199	15.7481
4	4.4784	-0.2933	-1.3801	3.8001	-1.1771	3.1146	-0.1657	0.3372	-0.2266	-0.9506	0.3243	0.1287	1.0438	-0.5801	-0.0063	0.8522	-0.4437	-0.2392	0.803	0.2767	0.674	-4.0122	-23.9171	12.3504
5	3.5877	-0.8343	0.2072	3.6823	-1.5618	7.5785	0.7106	-0.9916	0.6004	0.0679	-0.5152	-0.5744	0.518	0.2425	0.9707	1.1153	-0.699	-0.5254	1.2243	0.368	0.8634	4.9219	-19.5462	40.8333
6	1.0311	0.3795	-1.0773	2.2797	1.5651	3.086	-0.1354	-0.5016	-0.6765	0.2395	0.3613	0.0854	-0.2655	1.0677	0.0201	1.0525	-0.4316	-0.3463	1.312	0.4687	1.1101	4.6421	-33.5041	41.3247
7	4.5919	2.7573	1.4303	3.2548	-0.3849	4.5808	0.2188	-0.4487	0.041	0.3177	-0.3931	-0.6724	-0.0367	0.3638	0.0884	0.7763	-0.4398	-0.2832	0.7567	0.2758	0.7206	-9.4568	-34.2885	39.458
8	2.9197	-1.2957	0.6991	4.9645	-1.2177	2.5248	0.1173	-1.0935	-0.4973	0.8996	-0.0258	0.0911	0.8683	-1.025	-0.173	1.1579	-0.5678	-0.3176	1.1696	0.3503	0.7961	-20.1568	-47.7316	49.3844
9	2.4402	0.8235	1.7173	2.9355	0.1824	3.1641	-0.4925	0.2324	0.4839	-0.7386	0.3102	1.0616	-0.3124	-0.8086	0.0906	1.0761	-0.4182	-0.31	0.9758	0.3114	0.9616	-28.8265	-34.0917	35.6512

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 191 through 229 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 230 through 258 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 259 through 385 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 386 through 494 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 191 through 222 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 223 through 249 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 250 through 358 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 359 through 456 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 457 through 496 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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