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- PDB-4pdj: Neutron crystal Structure of E.coli Dihydrofolate Reductase compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pdj
タイトルNeutron crystal Structure of E.coli Dihydrofolate Reductase complexed with folate and NADP+
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha beta alpha sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFOLIC ACID / DEUTERATED WATER / : / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
Model detailsneutron diffraction
データ登録者Wan, Q. / Kovalevsky, A.Y. / Wilson, M. / Langan, P. / Dealwis, C. / Bennett, B.
資金援助 米国, 中国, 5件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)FWP ERKP752 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071939 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM092999 米国
Yangzhou University2013CXJ083 中国
State Education Ministry 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Toward resolving the catalytic mechanism of dihydrofolate reductase using neutron and ultrahigh-resolution X-ray crystallography.
著者: Wan, Q. / Bennett, B.C. / Wilson, M.A. / Kovalevsky, A. / Langan, P. / Howell, E.E. / Dealwis, C.
履歴
登録2014年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Data collection
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3185
ポリマ－18,0191
非ポリマー1,2994
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14400 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.293, 45.625, 98.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18019.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / プラスミド: pET-sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-DHF / DIHYDROFOLIC ACID / 7,8-ジヒドロ葉酸


分子量: 443.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N7O6
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 % / 解説: rectangular 3.6 mm3 size crystal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40mg/mL DHFR-folate-NADP+ complex, 12% (v/v) PEG400, 100 mM MnCl2, 20 mM imidazole, pH7.0
Temp details: room temperature

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Ambient temp detailsCrystal-ID
1291in capillary1
2291in capillary1
放射光源
由来タイプID波長 (Å)波長
回転陽極RIGAKU11.54
NUCLEAR REACTOROTHER23.33.3-4.5
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU1IMAGE PLATE2013年9月10日mirrors
CUSTOM-MADE22013年8月10日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Multilayer mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2CHOPPERLAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
23.31
34.51
反射

Entry-ID: 4PDJ

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Rsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.599-302075179.33.27.50.18815.3
1.994-32.48745701.221.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.599-1.75.80.313.2161.3
1.994-2.12

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1358)精密化
HKL-3000data processing
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
SCALAデータ削減
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
LAUEGENデータ削減
精密化

交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 1RX2

1rx2

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)SU MLDiffraction-ID位相誤差
1.599-27.413X-RAY DIFFRACTION0.2180.19370.19481068207515.1597.580.18122.64
1.994-32.403NEUTRON DIFFRACTION0.27070.23030.232242787434.8878.420.27225.03
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.599→27.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1268 0 82 119 1469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0923166
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d0.9155398
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.963818
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039198
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.028601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1.5991-1.67190.28631420.25332316X-RAY DIFFRACTION894
1.6719-1.760.32171260.24642374X-RAY DIFFRACTION896
1.76-1.87030.25011390.23162392X-RAY DIFFRACTION897
1.8703-2.01470.26541460.21392410X-RAY DIFFRACTION897
2.0147-2.21730.25241350.20922444X-RAY DIFFRACTION898
2.2173-2.5380.23231190.20392508X-RAY DIFFRACTION899
2.538-3.19680.20941390.19922538X-RAY DIFFRACTION8100
3.1968-27.4170.161220.15912701X-RAY DIFFRACTION8100
1.9937-2.28210.33411150.29662226NEUTRON DIFFRACTION364
2.2821-2.8750.28731520.25032700NEUTRON DIFFRACTION378
2.875-32.40740.23271600.19253390NEUTRON DIFFRACTION393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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