PDB-4pde: Crystal structure of FdhD in complex with GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pde

タイトル

Crystal structure of FdhD in complex with GDP

要素

Protein FdhD

キーワード

HYDROLASE / GDP / Mo-bisPGD sulfuration

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfurtransferase activity / sulfur carrier activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdopterin cofactor binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Arnoux, P. / Walburger, A. / Magalon, A. / Pignol, D.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Sulphur shuttling across a chaperone during molybdenum cofactor maturation.
著者: Arnoux, P. / Ruppelt, C. / Oudouhou, F. / Lavergne, J. / Siponen, M.I. / Toci, R. / Mendel, R.R. / Bittner, F. / Pignol, D. / Magalon, A. / Walburger, A.

履歴

登録	2014年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pde.cif.gz	111.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pde.ent.gz	84.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pde_validation.pdf.gz	763.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pde_full_validation.pdf.gz	770.4 KB	表示
XML形式データ	4pde_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	4pde_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/4pde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/4pde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pw9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hby-1 1ibc-1 2hbr-1 6nmn-d 2hbq-1 2h54-1 4ynp-d 1sc4-1 1u9e-d 5kkn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FdhD

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein FdhD

ヘテロ分子

A: Protein FdhD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.430, 98.430, 120.411
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Protein FdhD / FdhD 分子量: 31668.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fdhD, BN17_38461 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7QY30, UniProt: P32177*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M NaNO3, 2.2 M AmSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→85 Å / Num. obs: 8948 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 12.4

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6_289) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1pw9

1pw9

解像度: 2.8→69.573 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2763	418	4.72 %
R_work	0.1895	-	-
obs	0.1934	8848	98.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.814 Å² / k_sol: 0.369 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.0827 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	11.0827 Å²	0 Å²
3-	-	-	-22.1655 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→69.573 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1891	0	28	16	1935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1957
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	2656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.636	723
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	298
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-3.2052	0.3319	144	0.2315	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2052-4.0382	0.3013	125	0.1809	2780	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8421	0.5454	0.3061	1.3579	-0.7406	3.4394	0.6115	-0.3802	0.0597	-0.1531	-0.2062	-0.0216	0.9813	-0.2248	-0.2644	0.3824	-0.1592	-0.0237	0.2368	-0.0048	0.1877	-18.8374	36.2855	29.653
2	1.0494	-0.1581	0.8806	0.2859	-0.102	0.7472	-0.0532	0.4213	-0.1023	-0.0995	-0.0902	-0.2089	0.0397	-0.0406	0.1451	0.0489	-0.0215	0.0003	0.4082	0.0002	0.2657	6.2722	43.4445	7.521
3	3.0868	-0.8147	-1.5401	0.9513	-0.991	3.424	0.4904	0.0563	0.0445	-0.1413	0.4616	-0.2262	0.8686	-0.5287	-0.9677	0.7368	0.045	-0.3117	0.9091	-0.1074	0.6297	6.0987	55.3942	-2.0442
4	1.0762	0.0176	0.8322	0.8816	-0.2003	1.4319	-0.0843	0.5102	-0.1316	-0.0468	0	0.0068	0.1264	0.2233	0.0541	0.0801	-0.081	0.0366	0.2791	-0.0771	0.1411	-12.8715	39.3283	-3.2611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 15:38)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 39:109)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 110:135)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 136:277)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)