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- PDB-4pd3: Crystal Structure of Rigor-Like Human Nonmuscle Myosin-2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pd3
タイトルCrystal Structure of Rigor-Like Human Nonmuscle Myosin-2B
要素Nonmuscle myosin heavy chain B, Alpha-actinin A Chimera Protein
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / myosin / NM-2B / nonmuscle myosin-2B / rigor-like / nucleotide free / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOBTB2 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / contractile vacuole / COPI-mediated anterograde transport / Platelet degranulation / sorocarp development / myosin II filament / macropinocytic cup / Neutrophil degranulation ...RHOBTB2 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / contractile vacuole / COPI-mediated anterograde transport / Platelet degranulation / sorocarp development / myosin II filament / macropinocytic cup / Neutrophil degranulation / actin crosslink formation / actin filament-based movement / actomyosin / postsynaptic actin cytoskeleton / myosin filament / RHO GTPases Activate ROCKs / hyperosmotic response / RHO GTPases activate CIT / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / myosin complex / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton / EPHA-mediated growth cone collapse / microfilament motor activity / cell leading edge / RHO GTPases activate PAKs / pseudopodium / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / actin filament bundle assembly / phagocytosis / stress fiber / RHO GTPases activate PKNs / phagocytic vesicle / extracellular matrix / cellular response to starvation / cell projection / positive regulation of protein secretion / actin filament / cell motility / ADP binding / structural constituent of cytoskeleton / mRNA 5'-UTR binding / RNA stem-loop binding / actin filament binding / lamellipodium / regulation of cell shape / actin binding / virus receptor activity / actin cytoskeleton organization / midbody / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / calmodulin binding / cell adhesion / symbiont entry into host cell / calcium ion binding / cell surface / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / IQ calmodulin-binding motif / Spectrin/alpha-actinin ...EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / IQ calmodulin-binding motif / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Myosin S1 fragment, N-terminal / Calponin homology domain / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-actinin A / Myosin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Munnich, S. / Pathan-Chhatbar, S. / Manstein, D.J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the rigor-like human non-muscle myosin-2 motor domain.
著者: Munnich, S. / Pathan-Chhatbar, S. / Manstein, D.J.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 2.02020年8月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity_name_com ...atom_site / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / refine_hist
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonmuscle myosin heavy chain B, Alpha-actinin A Chimera Protein
B: Nonmuscle myosin heavy chain B, Alpha-actinin A Chimera Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,4342
ポリマ－237,4342
非ポリマー00
水59433
1
A: Nonmuscle myosin heavy chain B, Alpha-actinin A Chimera Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7171
ポリマ－118,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nonmuscle myosin heavy chain B, Alpha-actinin A Chimera Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7171
ポリマ－118,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.850, 157.870, 143.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nonmuscle myosin heavy chain B, Alpha-actinin A Chimera Protein / Cellular myosin heavy chain / type B / Myosin heavy chain 10 / Myosin heavy chain / non-muscle IIb ...Cellular myosin heavy chain / type B / Myosin heavy chain 10 / Myosin heavy chain / non-muscle IIb / Non-muscle myosin heavy chain B / NMMHC-B / Non-muscle myosin heavy chain IIb / NMMHC-IIB / Actin-binding protein A / F-actin cross-linking protein


分子量: 118717.047 Da / 分子数: 2
断片: UNP P35580 residues 1-782, UNP P05095 residues 265-502
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: MYH10, abpA, actnA, DDB_G0268632
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35580, UniProt: P05095
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG-6000, 0.1 M Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→30 Å / Num. obs: 65526 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.2 % / Net I/σ(I): 7.21

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→29.998 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2882 1993 3.05 %
Rwork0.2532 --
obs0.2543 65450 95.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→29.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14795 0 0 33 14828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215066
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7120308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3665692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0262229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032647
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.91090.43681510.38324466X-RAY DIFFRACTION95
2.9109-2.98960.3911440.38584624X-RAY DIFFRACTION97
2.9896-3.07740.3671350.35734578X-RAY DIFFRACTION97
3.0774-3.17670.40991330.33744584X-RAY DIFFRACTION96
3.1767-3.29010.41591410.31914618X-RAY DIFFRACTION96
3.2901-3.42160.35041490.29594565X-RAY DIFFRACTION96
3.4216-3.57710.32961440.28584510X-RAY DIFFRACTION95
3.5771-3.76540.31431450.25794559X-RAY DIFFRACTION96
3.7654-4.00080.28971440.24254557X-RAY DIFFRACTION96
4.0008-4.30880.28321400.23334518X-RAY DIFFRACTION95
4.3088-4.74090.2441500.20444516X-RAY DIFFRACTION94
4.7409-5.42340.25761390.22274510X-RAY DIFFRACTION94
5.4234-6.81970.27681360.24984484X-RAY DIFFRACTION93
6.8197-29.99980.2041420.20444368X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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