PDB-4pcq: Crystal Structure of MtbAldR (Rv2779c)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pcq

タイトル

Crystal Structure of MtbAldR (Rv2779c)

要素

Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

キーワード

TRANSCRIPTION / Lrp / AsnC / Feast/famine regulatory protein

機能・相同性

機能・相同性情報

response to amino acid / Modulation by Mtb of host immune system / sequence-specific DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Dey, A. / Ramachandran, R.

資金援助

インド, 3件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of MtbAldR
著者: Dey, A. / Ramachandran, R.

履歴

登録	2014年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pcq.cif.gz	225.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pcq.ent.gz	180.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pcq_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pcq_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	4pcq_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pcq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ivmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3355 2mkg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

B: Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

C: Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

D: Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

84.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

B: Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

D: Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family)

ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.739, 146.099, 49.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family) / Transcriptional regulator Lrp/AsnC-family 分子量: 21114.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MtbAldR 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2779c, RVBD_2779c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33321
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Possible transcriptional regulatory protein (Probably Lrp/AsnC-family) / Transcriptional regulator Lrp/AsnC-family

分子量: 21114.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MtbAldR
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2779c, RVBD_2779c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33321

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M trisodium citrate dihydrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→27.194 Å / Num. obs: 17732 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 2.95→3.02 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ivm

2ivm

解像度: 2.95→27.19 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2992	844	5.31 %
R_work	0.2631	-	-
obs	0.265	15881	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→27.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4221	0	0	33	4254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4273
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.953	5814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.202	1462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	709
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	773

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.1346	0.406	147	0.3403	2357	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1346-3.3762	0.336	140	0.3075	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3762-3.7152	0.3159	141	0.2694	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7152-4.251	0.2888	144	0.2436	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
4.251-5.3492	0.2384	131	0.2163	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3492-27.1956	0.2776	141	0.2642	2666	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.156	-0.8661	0.4267	0.5277	-0.1087	0.8964	-0.274	-0.4191	0.2934	-0.4139	0.3297	0.1351	1.0059	-0.3696	-0.0437	-0.8417	0.0848	0.116	0.5583	0.1003	1.2583	13.7996	28.7445	8.686
2	9.5326	-3.3783	-3.4243	5.7315	-2.6544	4.5357	0.11	1.3139	0.5369	-0.4924	-0.2288	0.3784	0.3641	-0.2675	0.1224	0.2382	0.0154	0.066	0.7524	-0.1486	0.7674	41.8778	32.1109	7.4748
3	4.1504	1.0171	0.1723	3.9745	-1.1603	1.5214	0.0855	-0.5109	0.1799	0.788	-0.0703	0.0612	-0.0954	0.1139	-0.0523	0.3669	0.0547	-0.0766	0.4603	-0.0944	0.2132	42.3357	16.9529	20.2854
4	5.3461	1.5129	-1.0265	2.6524	-3.1543	2.0002	-0.0155	-0.129	-0.1772	-0.2753	0.3272	0.3608	0.7282	-0.1954	-0.396	0.2913	0.145	-0.1166	0.8125	-0.0118	0.302	48.2316	13.3776	12.9562
5	0.2431	-1.0278	-0.2185	4.162	0.5891	2.0461	-0.165	0.0563	0.4832	0.1556	-0.4533	0.7518	0.0869	0.3012	0.3098	0.3705	0.1221	-0.034	0.3057	0.0061	0.142	33.8528	22.2212	0.7801
6	2.7159	-0.3196	0.2289	3.8291	-0.3767	0.8769	-0.2806	-0.2403	-0.1815	0.6784	-0.6268	-0.3628	-0.3635	0.4676	0.4761	0.2718	0.1598	-0.1427	0.63	0.3442	0.6602	31.7001	42.5894	11.1339
7	2.5775	-0.4685	-1.1075	3.9573	0.1638	1.6397	-0.3345	0.2499	-0.4603	-0.1286	0.1382	0.1958	0.2334	0.0796	0.1205	0.2083	0.0949	0.0005	0.4197	0.114	0.5591	31.1655	39.4699	3.3695
8	1.6723	-0.9568	0.0981	6.7266	0.3455	1.3161	-0.1359	0.5536	0.2842	-0.4577	0.0813	0.3706	-0.0239	-0.2558	0.0161	0.2344	0.0309	-0.0281	0.5986	0.0347	0.2208	35.5013	12.8956	-2.2155
9	0.7875	-1.0937	0.4747	7.7556	1.0181	1.8797	0.3026	0.1047	-0.1931	0.0576	-0.2149	-0.0649	-0.0797	-0.0994	-0.0375	0.1901	-0.063	-0.0186	0.5376	0.0404	0.3273	36.8272	15.3923	1.2001
10	1.037	0.8056	-0.63	8.1804	1.7764	2.9914	0.0127	0.5149	-0.3168	-0.4174	0.2248	0.904	0.0334	-0.7748	-0.2519	0.2883	-0.0439	-0.108	0.4221	-0.0428	0.4176	28.4604	7.2682	-0.1893
11	5.8026	-0.1722	-4.5364	4.6405	0.2023	3.5474	-0.1324	0.5729	0.1537	-0.2037	0.0501	0.8834	0.2625	0.0475	0.0266	0.377	-0.0333	-0.152	0.3422	-0.1732	0.6196	36.9915	5.2101	-3.1893
12	1.2791	0.9339	1.2627	7.8234	5.1119	3.6816	-0.4105	-0.3651	0.7968	1.7318	-0.2044	-0.7313	-0.3191	0.0984	0.1264	0.4865	-0.0594	-0.0531	1.1527	0.1916	-0.1961	31.3387	19.0139	17.7756
13	2.0204	-0.9952	2.2211	2.0048	2.8335	1.9997	0.832	0.5854	-1.2437	0.5584	-0.4467	-0.1252	1.4868	0.4955	-0.5348	0.5268	0.0061	-0.1227	0.4192	-0.1152	0.6621	29.2607	-39.1758	10.9392
14	7.0174	-1.7419	1.8068	7.4204	2.1357	5.4673	0.5027	0.5203	-0.8112	0.0243	-0.2973	0.4276	0.7797	0.3607	-0.3545	0.5673	0.177	-0.115	0.5026	-0.1496	0.4107	19.8428	-38.8938	7.4817
15	5.5676	-1.6483	-2.2717	7.6063	-0.782	1.2269	0.7659	-0.6096	-0.6411	1.7585	-0.5187	-0.2853	1.3215	-0.2887	-0.3857	1.3985	-0.237	-0.2375	0.7517	-0.1493	0.5669	22.5109	-40.6683	19.0219
16	1.5266	-1.6628	1.2163	6.0684	-0.3279	1.2584	-0.0959	-0.0092	0.0043	0.3931	-0.1501	0.5764	0.1906	0.5148	0.2779	0.2501	0.0209	0.1034	0.4458	-0.0388	0.528	21.653	-18.884	12.9137
17	2.6551	0.2379	1.6866	2.2577	1.1995	2.4402	-0.1652	-0.9408	0.211	-0.0098	0.0105	0.3341	-0.1708	0.1766	0.1447	0.307	-0.1024	0.1227	0.525	-0.0388	0.1575	33.2519	-7.7481	19.8932
18	3.2995	4.4062	-0.1874	2.0091	1.2678	0.4609	-0.4612	0.9928	-0.3536	-1.3885	0.0183	1.0667	-0.1846	0.2333	0.3375	0.4103	-0.0165	-0.2399	0.7597	-0.0546	-0.0871	25.6257	-12.7278	0.6517
19	5.0399	0.7204	-0.5504	2.5652	-0.8144	3.5786	-0.0006	0.0663	-0.2182	0.1721	-0.122	1.0044	0.0797	-0.7269	0.1062	0.2438	-0.0801	0.0478	0.5256	-0.1812	0.6019	7.9575	-21.9691	7.6682
20	3.254	-0.5657	0.2286	2.1468	-0.2783	1.7515	0.0387	-0.6331	-0.0481	0.3828	-0.0666	-0.367	0.3629	0.2442	-0.0058	0.3079	0.0021	0.0111	0.5129	-0.1401	0.7272	25.5682	-24.6107	10.4748
21	2.4154	-1.2953	2.0007	2.3592	-0.7156	3.1896	-0.2431	0.0712	-0.5365	0.1153	-0.2509	0.1017	-0.462	0.2672	0.2426	0.1412	-0.095	-0.0725	0.6563	-0.1994	0.2402	40.9123	-12.1747	0.0199
22	3.0628	-0.7526	0.1693	4.4938	-1.5746	3.2559	0.1279	0.3127	-0.0436	-0.8333	-0.2381	-0.1099	0.5034	0.1456	0.0147	0.3285	-0.0972	0.0969	0.386	-0.1298	0.2852	33.0642	-14.4	-5.5047
23	4.5661	0.1452	0.0298	6.2416	-2.3302	3.668	-0.4229	-0.0799	0.5544	-0.0521	0.0008	-0.1451	0.1785	-0.0188	0.2933	0.2103	-0.0417	0.0543	0.5144	-0.0836	0.4508	37.8463	-13.2846	1.7261
24	2.1491	-0.1543	-0.6375	3.1394	-1.1846	1.8982	-0.0953	0.0854	0.175	-0.6448	0.0993	0.0307	0.2603	0.0953	0.0002	0.3576	-0.0719	0.2545	0.5583	-0.123	0.4173	45.1146	-17.8476	-3.2468
25	6.4137	-0.1975	-3.587	1.7812	0.6523	3.0493	-0.1562	-0.9427	-0.0596	0.6074	-0.2283	0.9305	-0.1507	-0.434	0.0526	0.627	-0.4398	0.6186	0.63	0.0076	-0.1118	30.3178	-18.6229	17.5201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 93 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 161 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 162 through 168 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 169 through 178 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 28 through 61 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 62 through 87 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 88 through 119 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 120 through 134 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 135 through 154 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 155 through 168 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 169 through 178 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 32 through 44 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 45 through 61 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 62 through 75 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 76 through 93 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 94 through 168 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 169 through 178 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 31 through 75 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 76 through 93 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 94 through 105 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 106 through 128 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 129 through 143 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 144 through 168 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 169 through 178 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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