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- PDB-4pco: Crystal structure of double-stranded RNA with four terminal GU wo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pco
タイトルCrystal structure of double-stranded RNA with four terminal GU wobble base pairs
要素RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
キーワードRNA / GU wobble base pair motif
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA
機能・相同性情報
生物種Endothia gyrosa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.32 Å
Model detailsoverwound RNA; cobalt hexamine binding, chloride binding
データ登録者Mooers, B.H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI088011 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2015
タイトル: Structures and Energetics of Four Adjacent GU Pairs That Stabilize an RNA Helix.
著者: Gu, X. / Mooers, B.H. / Thomas, L.M. / Malone, J. / Harris, S. / Schroeder, S.J.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
B: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
C: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,09420
ポリマ－16,0555
非ポリマー2,04015
水3,423190
1
A: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
B: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,49511
ポリマ－6,4222
非ポリマー1,0739
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area3530 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0666
ポリマ－6,4222
非ポリマー6444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area3820 Å2
手法PISA
3
E: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

E: RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0666
ポリマ－6,4222
非ポリマー6444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area3300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.616, 43.224, 83.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-216-

HOH

21E-222-

HOH

31E-227-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-D(*GP*GP*UP*GP*GP*CP*UP*GP*UP*U)-3') / GU rich dsRNA


分子量: 3210.916 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: phsophoramidite synthesis / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)
#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 % / 解説: orange plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15 mg/mL RNA, 26.2% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.04 M lithium chloride, 0.03 M cobalt hexamine chloride, 0.04 M sodium cacodylate, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795, 1.3624, 1.6053, 1.6068
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月11日 / 詳細: Rh coated flat mirrors
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.36241
31.60531
41.60681
反射解像度: 1.32→81.289 Å / Num. all: 29968 / Num. obs: 29968 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 11.98 Å2 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 5.063 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 236794
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.32-1.397.20.6671.23119543250.2890.6672.7100
1.39-1.487.20.4161.93004141510.1810.4164.2100
1.48-1.587.30.2463.12827338840.1070.2466.8100
1.58-1.77.30.135.62599235770.0570.1311.7100
1.7-1.877.30.0957.62438133440.0420.09516100
1.87-2.097.30.0719.72188530070.0320.07121.5100
2.09-2.417.80.06110.62081326710.0260.06128.6100
2.41-2.9510.80.0549.62432722480.0190.05440.5100
2.95-4.17110.0410.71948117680.0140.0457.8100
4.17-27.52110.50.0458.7104069930.0170.04561.499.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1678精密化
SHELX位相決定
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
Blu-Iceデータ収集
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.32→27.521 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.88 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1835 2957 5.05 %Random selection
Rwork0.1552 ---
obs0.1567 29968 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→27.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1060 87 190 1337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0382251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.186651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.32-1.34170.24221590.24452705X-RAY DIFFRACTION100
1.3417-1.36480.25021320.24192607X-RAY DIFFRACTION100
1.3648-1.38960.27851300.22152600X-RAY DIFFRACTION100
1.3896-1.41630.22051440.19852731X-RAY DIFFRACTION100
1.4163-1.44530.20461350.18932605X-RAY DIFFRACTION100
1.4453-1.47670.25631420.18292660X-RAY DIFFRACTION100
1.4767-1.5110.18191420.17712644X-RAY DIFFRACTION100
1.511-1.54880.2141180.16472638X-RAY DIFFRACTION100
1.5488-1.59070.22451280.15032727X-RAY DIFFRACTION100
1.5907-1.63750.19251290.14492597X-RAY DIFFRACTION100
1.6375-1.69030.17311370.13932663X-RAY DIFFRACTION100
1.6903-1.75070.17531500.13792656X-RAY DIFFRACTION100
1.7507-1.82080.19341410.14722601X-RAY DIFFRACTION100
1.8208-1.90370.21731540.14742677X-RAY DIFFRACTION100
1.9037-2.0040.18571330.14462662X-RAY DIFFRACTION100
2.004-2.12950.20381090.14692653X-RAY DIFFRACTION100
2.1295-2.29390.17221310.15152673X-RAY DIFFRACTION100
2.2939-2.52460.19011690.16352596X-RAY DIFFRACTION100
2.5246-2.88950.18681690.16582638X-RAY DIFFRACTION100
2.8895-3.63920.16891410.13912648X-RAY DIFFRACTION100
3.6392-27.52740.14511640.14412623X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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