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- PDB-4pbu: Serial Time-resolved crystallography of Photosystem II using a fe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pbu
タイトルSerial Time-resolved crystallography of Photosystem II using a femtosecond X-ray laser The S1 state
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 15
  • Cytochrome c-550
  • Photosystem Q(B) protein 1
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II / Time resolved / Free electron laser
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / extrinsic component of membrane ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / extrinsic component of membrane / photosystem II / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising ...Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem II protein D1 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 5 Å
データ登録者Kupitz, C. / Basu, S. / Grotjohann, I. / Fromme, R. / Zatsepin, N. / Rendek, K.N. / Hunter, M. / Shoeman, R.L. / White, T.A. / Wang, D. ...Kupitz, C. / Basu, S. / Grotjohann, I. / Fromme, R. / Zatsepin, N. / Rendek, K.N. / Hunter, M. / Shoeman, R.L. / White, T.A. / Wang, D. / James, D. / Yang, J.H. / Cobb, D.E. / Reeder, B. / Sierra, R.G. / Liu, H. / Barty, A. / Aquila, A. / Deponte, D. / Kirian, R.A. / Bari, S. / Bergkamp, J.J. / Beyerlein, K. / Bogan, M.J. / Caleman, C. / Chao, T.-C. / Conrad, C.E. / Davis, K.M. / Fleckenstein, H. / Galli, L. / Hau-Riege, S.P. / Kassemeyer, S. / Laksmono, H. / Liang, M. / Lomb, L. / Marchesini, S. / Martin, A.V. / Messerschmidt, M. / Milathianaki, D. / Nass, K. / Ros, A. / Roy-Chowdhury, S. / Schmidt, K. / Seibert, M. / Steinbrener, J. / Stellato, F. / Yan, L. / Yoon, C. / Moore, T.A. / Moore, A.L. / Pushkar, Y. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Doak, R.B. / Weierstall, U. / Frank, M. / Chapman, H.N. / Spence, J.C.H. / Fromme, P.
資金援助 米国, ドイツ, 14件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001016 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM095583 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1021557 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB- 1120997 米国
German Research Foundation (DFG)EXC 306 ドイツ
German Research Foundation (DFG)?Center for Ultrafast Imaging? ドイツ
Max Planck SocietyAtomic, Molecular and Optical Sciences Program ドイツ
Department of Energy (DOE, United States)Chemical Sciences Geosciences and Biosciences Division 米国
SLACLDRD 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC52- 07NA27344 米国
UCOP Lab Fee Program118036 米国
LLNL LDRD12-ERD-031 米国
Hamburg Initiative for Excellence in ResearchHamburg Ministry of Science and Research and Joachim Herz Stiftung ドイツ
National Science Foundation (NSF, United States)BioFEL Science Technology Center (award 1231306) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Serial time-resolved crystallography of photosystem II using a femtosecond X-ray laser.
著者: Kupitz, C. / Basu, S. / Grotjohann, I. / Fromme, R. / Zatsepin, N.A. / Rendek, K.N. / Hunter, M.S. / Shoeman, R.L. / White, T.A. / Wang, D. / James, D. / Yang, J.H. / Cobb, D.E. / Reeder, B. ...著者: Kupitz, C. / Basu, S. / Grotjohann, I. / Fromme, R. / Zatsepin, N.A. / Rendek, K.N. / Hunter, M.S. / Shoeman, R.L. / White, T.A. / Wang, D. / James, D. / Yang, J.H. / Cobb, D.E. / Reeder, B. / Sierra, R.G. / Liu, H. / Barty, A. / Aquila, A.L. / Deponte, D. / Kirian, R.A. / Bari, S. / Bergkamp, J.J. / Beyerlein, K.R. / Bogan, M.J. / Caleman, C. / Chao, T.C. / Conrad, C.E. / Davis, K.M. / Fleckenstein, H. / Galli, L. / Hau-Riege, S.P. / Kassemeyer, S. / Laksmono, H. / Liang, M. / Lomb, L. / Marchesini, S. / Martin, A.V. / Messerschmidt, M. / Milathianaki, D. / Nass, K. / Ros, A. / Roy-Chowdhury, S. / Schmidt, K. / Seibert, M. / Steinbrener, J. / Stellato, F. / Yan, L. / Yoon, C. / Moore, T.A. / Moore, A.L. / Pushkar, Y. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Doak, R.B. / Weierstall, U. / Frank, M. / Chapman, H.N. / Spence, J.C. / Fromme, P.
履歴
登録2014年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Structure summary
改定 1.32014年10月1日Group: Database references
改定 1.42015年9月23日Group: Data collection
改定 1.52017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.62017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.72018年9月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.82019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem Q(B) protein 1
B: Photosystem II core light harvesting protein
C: Photosystem II CP43 protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem Q(B) protein 1
b: Photosystem II core light harvesting protein
c: Photosystem II CP43 protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)692,590190
ポリマ－584,77338
非ポリマー107,818152
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.250, 226.260, 307.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain a
12chain B
22chain b
13chain C
23chain c
14chain D
24chain d
15chain E
25chain e
16chain F
26chain f
17chain H
27chain h
18chain I
28chain i
19chain J
29chain j
110chain K
210chain k
111chain L
211chain l
112chain M
212chain m
113chain O
213chain o
114chain T
214chain t
115chain U
215chain u
116chain V
216chain v
117chain X
217chain x
118chain Y
218chain y
119chain Z
219chain z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA11 - 667
211chain aa11 - 659
112chain BB2 - 668
212chain bb2 - 649
113chain CC23 - 661
213chain cc19 - 661
114chain DD11 - 714
214chain dd12 - 714
115chain EE4 - 772
215chain ee4 - 772
116chain FF12 - 641
216chain ff14 - 641
117chain HH2 - 663
217chain hh2 - 663
118chain II1 - 38
218chain ii1 - 38
119chain JJ3 - 40
219chain jj1 - 652
1110chain KK10 - 653
2110chain kk10 - 653
1111chain LL1 - 668
2111chain ll1 - 694
1112chain MM1 - 34
2112chain mm1 - 34
1113chain OO4 - 767
2113chain oo4 - 767
1114chain TT1 - 647
2114chain tt1 - 647
1115chain UU8 - 808
2115chain uu8 - 104
1116chain VV1 - 642
2116chain vv1 - 642
1117chain XX2 - 40
2117chain xx2 - 40
1118chain YY18 - 46
2118chain yy18 - 46
1119chain ZZ1 - 62
2119chain zz1 - 62

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AaVv

#1: タンパク質 Photosystem Q(B) protein 1 / 32 kDa thylakoid membrane protein 1 / Photosystem II protein D-1 / Photosystem II D-1 protein


分子量: 37029.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, photosystem II
#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c-549 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386

-
Photosystem II ... , 15種, 30分子 BbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXxZz

#2: タンパク質 Photosystem II core light harvesting protein / Photosystem II CP47 protein


分子量: 55939.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 protein


分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein / Photosystem II D2 protein


分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L / PSII 5 kDa protein


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3807.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / MSP


分子量: 26523.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-Tc


分子量: 3620.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 10966.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3098.921 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 4077.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9321.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3868.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9

-
糖 , 1種, 10分子

#31: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 13種, 142分子

#20: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#21: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#22: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#23: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#24: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#26: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#27: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#28: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#29: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#30: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#32: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#33: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.92 %
結晶化温度: 283 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7
詳細: 100 mM Pipes pH 7.0, 5 mM CaCl2, 10 mM tocopherol, and 10-17% PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 2.04 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月25日 / 詳細: several days
放射モノクロメーター: None / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→100.638 Å / Num. all: 41704 / Num. obs: 40964 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 684 % / Biso Wilson estimate: 285.07 Å2 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 5→5.123 Å / 冗長度: 617 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cheetahデータ収集
CrystFELデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ARC

3arc
PDB 未公開エントリ


解像度: 5→100.638 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 2056 5.02 %
Rwork0.2606 38890 -
obs0.2607 40946 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.03 Å2 / Biso mean: 33.7489 Å2 / Biso min: 13.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 5→100.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41296 0 7625 0 48921
Biso mean--37.34 --
残基数----5270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03951301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d3.02970757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.4917125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.028628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.65918204
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3021X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
12a3021X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
21B4445X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
22b4445X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
31C4054X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
32c4054X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
41D3154X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
42d3154X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
51E735X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
52e735X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
61F290X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
62f290X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
71H568X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
72h568X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
81I342X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
82i342X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
91J312X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
92j312X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
101K336X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
102k336X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
111L348X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
112l348X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
121M302X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
122m302X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
131O2194X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
132o2194X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
141T273X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
142t273X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
151U930X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
152u930X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
161V1264X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
162v1264X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
171X313X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
172x313X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
181Y251X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
182y251X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
191Z531X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
192z531X-RAY DIFFRACTION7.008TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
5-5.11630.34341400.350225702710
5.1163-5.24420.36321340.324625322666
5.2442-5.3860.29851330.31225642697
5.386-5.54450.28341380.30825592697
5.5445-5.72350.28061280.295925312659
5.7235-5.9280.25171350.285925672702
5.928-6.16530.27311440.276625692713
6.1653-6.44590.25091360.260125792715
6.4459-6.78560.25031600.245425332693
6.7856-7.21070.24251160.240726172733
7.2107-7.76720.22211180.23626342752
7.7672-8.54850.20551350.207125882723
8.5485-9.78460.17191520.191626172769
9.7846-12.3240.21831460.202126492795
12.324-100.65830.34921410.330827812922

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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