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- PDB-4pay: Crystal structure of an N-terminal fragment of the Legionella pne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pay
タイトルCrystal structure of an N-terminal fragment of the Legionella pneumophila effector protein SidC.
要素SidC, interaptinSpace Training and Readiness Command
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / tethering (テザリング) / vesicular transport / Legionella pneumophila effector
機能・相同性: / : / SidC, C-terminal domain / SidC, lipid-binding domain / SidC, N-terminal / SidC N-terminal domain / : / SidC, interaptin
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Horenkamp, F.A. / Mukherjee, S. / Alix, E. / Schauder, C.M. / Hubber, A.M. / Roy, C.R. / Reinisch, K.M.
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2014
タイトル: Legionella pneumophila Subversion of Host Vesicular Transport by SidC Effector Proteins.
著者: Horenkamp, F.A. / Mukherjee, S. / Alix, E. / Schauder, C.M. / Hubber, A.M. / Roy, C.R. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年6月25日ID: 4OM6
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.selection_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SidC, interaptin
B: SidC, interaptin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,45110
ポリマ－140,3522
非ポリマー1,0998
水2,990166
1
A: SidC, interaptin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5884
ポリマ－70,1761
非ポリマー4123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SidC, interaptin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8636
ポリマ－70,1761
非ポリマー6875
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area52120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.460, 107.584, 177.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 7 - 608 / Label seq-ID: 9 - 610

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 SidC, interaptin / Space Training and Readiness Command


分子量: 70176.023 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment (UNP 1-608) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: sidC, lpg2511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5ZSK6
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 8% PEG 8000, 0.2M barium chloride, 0.1M Hepes, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→92.009 Å / Num. all: 52327 / Num. obs: 52258 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Net I/σ(I): 17.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.77→92.009 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 2031 3.89 %Random selection
Rwork0.1993 ---
obs0.2022 52258 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→92.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9423 0 8 166 9597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98913063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8643611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061710
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5400X-RAY DIFFRACTION2.758TORSIONAL
12B5400X-RAY DIFFRACTION2.758TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.8350.41721380.3113487X-RAY DIFFRACTION94
2.835-2.91160.40031450.29333520X-RAY DIFFRACTION96
2.9116-2.99730.37461380.2733562X-RAY DIFFRACTION96
2.9973-3.0940.34821470.25493534X-RAY DIFFRACTION96
3.094-3.20460.32061370.24073573X-RAY DIFFRACTION96
3.2046-3.33280.26671490.22083534X-RAY DIFFRACTION96
3.3328-3.48450.29461320.21183576X-RAY DIFFRACTION96
3.4845-3.66810.24391460.1943563X-RAY DIFFRACTION96
3.6681-3.89780.22491380.18183586X-RAY DIFFRACTION96
3.8978-4.19850.21791480.17143583X-RAY DIFFRACTION96
4.1985-4.62060.16531370.14763606X-RAY DIFFRACTION96
4.6206-5.28830.19011510.15343633X-RAY DIFFRACTION96
5.2883-6.65910.23131460.19553659X-RAY DIFFRACTION96
6.6591-44.39020.21041540.20923814X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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