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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pay | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of an N-terminal fragment of the Legionella pneumophila effector protein SidC. | |||||||||
要素 | SidC, interaptin | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / tethering / vesicular transport / Legionella pneumophila effector | |||||||||
機能・相同性 | : / : / SidC, C-terminal domain / SidC, lipid-binding domain / SidC, N-terminal / SidC N-terminal domain / : / SidC, interaptin 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.77 Å | |||||||||
データ登録者 | Horenkamp, F.A. / Mukherjee, S. / Alix, E. / Schauder, C.M. / Hubber, A.M. / Roy, C.R. / Reinisch, K.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Traffic / 年: 2014 タイトル: Legionella pneumophila Subversion of Host Vesicular Transport by SidC Effector Proteins. 著者: Horenkamp, F.A. / Mukherjee, S. / Alix, E. / Schauder, C.M. / Hubber, A.M. / Roy, C.R. / Reinisch, K.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pay.cif.gz | 440.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pay.ent.gz | 363.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pay.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pay_validation.pdf.gz | 428.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pay_full_validation.pdf.gz | 429.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pay_validation.xml.gz | 40.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pay_validation.cif.gz | 56.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4pay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4pay | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 7 - 608 / Label seq-ID: 9 - 610
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70176.023 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment (UNP 1-608) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: sidC, lpg2511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5ZSK6 #2: 化合物 | ChemComp-BA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 8% PEG 8000, 0.2M barium chloride, 0.1M Hepes, pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日 |
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→92.009 Å / Num. all: 52327 / Num. obs: 52258 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Net I/σ(I): 17.8 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.77→92.009 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.77→92.009 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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