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- PDB-4paq: A conserved phenylalanine as relay between the 5 helix and the GD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4paq
タイトルA conserved phenylalanine as relay between the 5 helix and the GDP binding region of heterotrimeric G protein
要素Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Activation of Heterotrimeric G protein / GDP release / Computer modeling / G protein Coupled Receptors / Rhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / GTPase activating protein binding / negative regulation of synaptic transmission / G alpha (i) signalling events / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding ...Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / GTPase activating protein binding / negative regulation of synaptic transmission / G alpha (i) signalling events / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / cell cortex / midbody / cell cycle / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / GTPase activity / centrosome / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kaya, A.I. / Lokits, A.D. / Gilbert, J. / Iverson, T.M. / Meiler, J. / Hamm, H.E.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)RO1 EY006062 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM095633 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM080403 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RO1 MH090192 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM099842 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RO1 DK09737 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR026915 米国
National Science Foundation (NSF, United States)0742762 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1305874 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: A Conserved Phenylalanine as a Relay between the alpha 5 Helix and the GDP Binding Region of Heterotrimeric Gi Protein alpha Subunit.
著者: Kaya, A.I. / Lokits, A.D. / Gilbert, J.A. / Iverson, T.M. / Meiler, J. / Hamm, H.E.
履歴
登録2014年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9793
ポリマ－40,4151
非ポリマー5642
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.300, 79.300, 105.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40415.031 Da / 分子数: 1 / 変異: F336Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnai1, Gnai-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10824
#2: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: (NH4)2SO3, Sodium acetate / PH範囲: 5.9-6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.7 Å / Num. obs: 26483 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.91 / Num. measured all: 100 / Rsym value: 0.446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GIA

1gia


解像度: 2→41.7 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2066 2683 10.15 %
Rwork0.1698 --
obs0.1735 26437 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2541 0 33 169 2743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0093582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.023987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03390.23541230.18821211X-RAY DIFFRACTION96
2.0339-2.0730.24211380.18331222X-RAY DIFFRACTION100
2.073-2.11530.24691510.18531225X-RAY DIFFRACTION100
2.1153-2.16130.22251370.18261239X-RAY DIFFRACTION100
2.1613-2.21160.23041540.18041218X-RAY DIFFRACTION100
2.2116-2.26690.25071490.17981223X-RAY DIFFRACTION100
2.2669-2.32820.23451360.17261243X-RAY DIFFRACTION100
2.3282-2.39670.22971430.16231238X-RAY DIFFRACTION100
2.3967-2.4740.19841380.17591254X-RAY DIFFRACTION100
2.474-2.56240.21271330.16821246X-RAY DIFFRACTION100
2.5624-2.6650.24221520.18171219X-RAY DIFFRACTION100
2.665-2.78630.26131310.17321243X-RAY DIFFRACTION100
2.7863-2.93310.25031400.19371281X-RAY DIFFRACTION100
2.9331-3.11680.2241160.18321257X-RAY DIFFRACTION100
3.1168-3.35740.18631710.18641227X-RAY DIFFRACTION100
3.3574-3.69510.19671470.16741262X-RAY DIFFRACTION100
3.6951-4.22930.16381520.14761267X-RAY DIFFRACTION100
4.2293-5.32680.15621210.13931328X-RAY DIFFRACTION100
5.3268-41.75310.17351510.16441351X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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