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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pad | ||||||||||||
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タイトル | Binding of chloromethyl ketone substrate analogues to crystalline papain | ||||||||||||
要素 | PAPAIN | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SULFHYDRYL PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 papain / serpin family protein binding / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Carica papaya (パパイア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Drenth, J. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1976 タイトル: Binding of chloromethyl ketone substrate analogues to crystalline papain. 著者: Drenth, J. / Kalk, K.H. / Swen, H.M. #1: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1971 タイトル: The Structure of Papain 著者: Drenth, J. / Jansonius, J.N. / Koekoek, R. / Wolthers, B.G. #2: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1970 タイトル: The Structure of the Papain Molecule 著者: Drenth, J. / Jansonius, J.N. / Koekoek, R. / Sluyterman, L.A.A. / Wolthers, B.G. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1968 タイトル: Structure of Papain 著者: Drenth, J. / Jansonius, J.N. / Koekoek, R. / Swen, H.M. / Wolthers, B.G. | ||||||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET SUBSTRUCTURE OF THIS MOLECULE IS DOUBLY BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS ...SHEET THE SHEET SUBSTRUCTURE OF THIS MOLECULE IS DOUBLY BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. STRANDS 4,5,6 OF S1A ARE IDENTICAL TO STRANDS 2,3,4 OF S1B. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pad.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pad.ent.gz | 36.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pad.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pad_validation.pdf.gz | 442.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pad_full_validation.pdf.gz | 474.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pad_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pad_validation.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4pad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4pad | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 152 IS A CIS PROLINE. 2: SOME COORDINATES WERE AFFECTED BY THE BINDING OF THE INHIBITOR. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23449.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / 参照: UniProt: P00784, papain |
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#2: 化合物 | ChemComp-TCK / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
精密化 | 最高解像度: 2.8 Å 詳細: THE COORDINATES OF THE INHIBITOR WERE NOT REFINED. THIS DATA SET WAS OBTAINED BY MERGING THE INHIBITOR COORDINATES WITH THE REFINED NATIVE PAPAIN COORDINATES OF SET 8PAP. THE CONFORMATION OF ...詳細: THE COORDINATES OF THE INHIBITOR WERE NOT REFINED. THIS DATA SET WAS OBTAINED BY MERGING THE INHIBITOR COORDINATES WITH THE REFINED NATIVE PAPAIN COORDINATES OF SET 8PAP. THE CONFORMATION OF RESIDUE CYS 25 IN THIS DERIVATIVE STRUCTURE IS NOT THE SAME AS THAT IN THE NATIVE ENZYME AND THIS FACT IS REFLECTED IN THE COORDINATES | ||||||||||||
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
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