[日本語] English
万見
- PDB-4p9j: Crystal Structure of rabbit Ryanodine Receptor 1 SPRY2 Domain (10... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p9j
タイトルCrystal Structure of rabbit Ryanodine Receptor 1 SPRY2 Domain (1070-1246)
要素Ryanodine receptor 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel / calcium / metal transport / signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / cellular response to caffeine / skin development / organelle membrane / smooth endoplasmic reticulum ...ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / cellular response to caffeine / skin development / organelle membrane / smooth endoplasmic reticulum / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis / toxic substance binding / striated muscle contraction / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / muscle contraction / cellular response to calcium ion / sarcoplasmic reticulum / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
SPRY domain / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr ...SPRY domain / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Lau, K. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of wild type and disease mutant forms of the ryanodine receptor SPRY2 domain.
著者: Lau, K. / Van Petegem, F.
履歴
登録2014年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Ryanodine receptor 1
A: Ryanodine receptor 1
B: Ryanodine receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6623
ポリマ－60,6623
非ポリマー00
水7,044391
1
C: Ryanodine receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2211
ポリマ－20,2211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ryanodine receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2211
ポリマ－20,2211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Ryanodine receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2211
ポリマ－20,2211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.580, 37.570, 95.820
Angle α, β, γ (deg.)89.97, 89.97, 120.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 1 / RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal ...RyR1 / Skeletal muscle calcium release channel / Skeletal muscle ryanodine receptor / Skeletal muscle-type ryanodine receptor / Type 1 ryanodine receptor


分子量: 20220.623 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP Residues 1070-1246 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: RYR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P11716
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.28 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→32.55 Å / Num. obs: 36943 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 8.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1637)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→32.549 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 22.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 1872 5.49 %
Rwork0.1629 --
obs0.1661 34107 86.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→32.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4188 0 0 391 4579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3575837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0751516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8401-1.88980.34411110.26932063X-RAY DIFFRACTION73
1.8898-1.94540.31321150.2512159X-RAY DIFFRACTION75
1.9454-2.00820.28961200.23362225X-RAY DIFFRACTION80
2.0082-2.080.27241320.20492453X-RAY DIFFRACTION82
2.08-2.16320.24761440.1922372X-RAY DIFFRACTION85
2.1632-2.26170.27291590.17592496X-RAY DIFFRACTION88
2.2617-2.38090.2451510.172588X-RAY DIFFRACTION89
2.3809-2.530.21991590.17372587X-RAY DIFFRACTION91
2.53-2.72520.25691570.16552644X-RAY DIFFRACTION93
2.7252-2.99930.20321610.16082664X-RAY DIFFRACTION93
2.9993-3.43290.21551580.14372752X-RAY DIFFRACTION94
3.4329-4.32350.13871530.1172630X-RAY DIFFRACTION93
4.3235-32.5540.19161520.13562602X-RAY DIFFRACTION91

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る