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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p80 | ||||||
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タイトル | Structure of ancestral PyrR protein (AncGREENPyrR) | ||||||
要素 | Ancestral PyrR protein (Green) | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / RNA binding proteins / reconstructed amino acid sequence | ||||||
機能・相同性 | Rossmann fold - #2020 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Perica, T. / Kondo, Y. / Tiwari, S. / McLaughlin, S. / Steward, A. / Reuter, N. / Clarke, J. / Teichmann, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2014 タイトル: Evolution of oligomeric state through allosteric pathways that mimic ligand binding. 著者: Perica, T. / Kondo, Y. / Tiwari, S.P. / McLaughlin, S.H. / Kemplen, K.R. / Zhang, X. / Steward, A. / Reuter, N. / Clarke, J. / Teichmann, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p80.cif.gz | 85 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p80.ent.gz | 64.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p80.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4p80_validation.pdf.gz | 453.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4p80_full_validation.pdf.gz | 456.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4p80_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4p80_validation.cif.gz | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/4p80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/4p80 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20050.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Bacteria (unknown) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 1.2M Ammonium Sulfate, 0.08M Na acetate pH4.8, 20% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20.27 Å / Num. obs: 54426 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 5.6 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.6→60.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 1.861 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→60.57 Å
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拘束条件 |
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