[日本語] English
万見
- PDB-4p7a: Crystal Structure of human MLH1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p7a
タイトルCrystal Structure of human MLH1
要素DNA mismatch repair protein Mlh1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / structural genomics consortium / DNA MISMATCH REPAIR / DNA DAMAGE / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


chiasma / late recombination nodule / male meiosis chromosome segregation / meiotic metaphase I homologous chromosome alignment / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / negative regulation of mitotic recombination / MutLalpha complex / meiotic spindle midzone assembly / guanine/thymine mispair binding ...chiasma / late recombination nodule / male meiosis chromosome segregation / meiotic metaphase I homologous chromosome alignment / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / negative regulation of mitotic recombination / MutLalpha complex / meiotic spindle midzone assembly / guanine/thymine mispair binding / meiotic telomere clustering / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / resolution of meiotic recombination intermediates / homologous chromosome pairing at meiosis / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / oogenesis / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / male germ cell nucleus / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / response to bacterium / enzyme activator activity / Meiotic recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / chromosome / spermatogenesis / chromatin binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair protein Mlh1, C-terminal / DNA mismatch repair protein Mlh1 C-terminus / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...DNA mismatch repair protein Mlh1, C-terminal / DNA mismatch repair protein Mlh1 C-terminus / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA mismatch repair protein Mlh1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tempel, W. / Lam, R. / Zeng, H. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the human MLH1 N-terminus: implications for predisposition to Lynch syndrome.
著者: Wu, H. / Zeng, H. / Lam, R. / Tempel, W. / Kerr, I.D. / Min, J.
履歴
登録2014年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年11月12日ID: 3NA3
改定 1.12014年11月12日Group: Other
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 2.02019年7月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_oper_list ...atom_site / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / software / struct_keywords
Item: _atom_site.pdbx_PDB_model_num / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ..._atom_site.pdbx_PDB_model_num / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein Mlh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,10712
ポリマ－38,6551
非ポリマー45211
水63135
1
A: DNA mismatch repair protein Mlh1
ヘテロ分子

A: DNA mismatch repair protein Mlh1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,21324
ポリマ－77,3102
非ポリマー90322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area27860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.568, 94.568, 85.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細has not been determined as part of this study.

-
要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein Mlh1 / MutL protein homolog 1


分子量: 38655.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLH1, COCA2 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-PRARE2 / 参照: UniProt: P40692
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG4000, 10% ISOPROPANOL, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.28 Å / Num. obs: 19468 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 27.1 / Num. measured all: 184048
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 1.113 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured all: 17980 / Num. unique all: 1888 / Rpim(I) all: 0.382 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
BUSTER精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / WRfactor Rfree: 0.2403 / WRfactor Rwork: 0.1939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8213 / SU B: 11.41 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / SU Rfree: 0.2095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: This entry is a re-interpretation of the data underlying entry 3NA3. Autobuster was used during intermediate refinement steps. COOT was used for interactive model building. Model geometry was ...詳細: This entry is a re-interpretation of the data underlying entry 3NA3. Autobuster was used during intermediate refinement steps. COOT was used for interactive model building. Model geometry was evaluated with MOLPROBITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2537 981 5 %RANDOM
Rwork0.2026 18456 --
obs0.2051 19437 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 153.24 Å2 / Biso mean: 65.1682 Å2 / Biso min: 28.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å2-0 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2195 0 37 37 2269
Biso mean--39.86 43.95 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022127
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9743114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5345305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59123.8184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30715348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.8981514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9913.6021223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9833.61222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1415.3841527
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 70 -
Rwork0.282 1367 -
all-1437 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0232-0.3371.20986.3497-1.55151.02130.0221-0.0804-0.0357-0.1388-0.0573-0.34750.0244-0.00340.03530.1838-0.031-0.03930.1722-0.01530.199435.137-56.678818.5016
23.9262-0.0340.34044.3785-1.18653.28740.1170.0189-0.19670.0611-0.2644-0.24920.09960.23470.14740.0519-0.00030.02130.02620.00820.129826.7544-20.4778.983
33.3020.2110.86135.74931.75036.9218-0.15830.6624-0.464-0.2720.09460.01540.735-0.13020.06370.3324-0.0211-0.13690.4644-0.09240.394714.8412-22.4485-17.1678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3A210 - 336

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る