PDB-4p6q: The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p6q

タイトル

The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new layer of complexity to proteins containing RNA Recognition Motifs

要素

Msx2-interacting protein

キーワード

TRANSCRIPTION / RNA-recognition Motif / SPEN protein / Steroid RNA Activator / Transcriptional Regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of neurogenesis / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Arieti, F. / Gabus, C. / Tambalo, M. / Huet, T. / Round, A. / Thore, S.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of the Split End protein SHARP adds a new layer of complexity to proteins containing RNA recognition motifs.
著者: Arieti, F. / Gabus, C. / Tambalo, M. / Huet, T. / Round, A. / Thore, S.

履歴

登録	2014年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Advisory / Atomic model / Author supporting evidence カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p6q.cif.gz	137.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p6q.ent.gz	106 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4p6q_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p6q_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	4p6q_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	4p6q_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/4p6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/4p6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1whyS 1x55S 2adcS 2cpeS 2cpzS 2cqbS 2dguS 2dnmS 2i38S 2lcwS 2ytcS 3md1S 4f26S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mut-d 3mur-d 3mum-d 2za4-d 6j21-d 3tsw-1 6eo2-1 3v71-d 4odd-d 2f1k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Msx2-interacting protein

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.670, 69.710, 88.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Msx2-interacting protein / SMART/HDAC1-associated repressor protein / SPEN homolog 分子量: 33056.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPEN, KIAA0929, MINT, SHARP / プラスミド: pET42a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q96T58
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG 8000, 0.1M ammonium sulphate, 0.01M magnesium chloride, 0.05M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid PH範囲: 5.4-6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→28.71 Å / Num. obs: 26164 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 5.38 % / Net I/σ(I): 20.44
反射シェル	最高解像度: 2 Å / 冗長度: 5.63 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Ensemble 1 (PDB codes: 3MD1, 2ADC, 2DNM, 2DGU, 2CQB); Ensemble 2 (PDB codes: X4AR, 2YTC, 4F26, 1WHY, 2CPZ); Ensemble 3 (PDB codes: 2I38, 1WHY, 1X55, 2LCW, 2CPE). ...
解像度: 2→28.71 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2377	1989	7.64 %
R_work	0.1924	-	-
obs	0.1959	26035	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2322	0	5	156	2483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	3190
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.497	898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3584	139	0.2795	1693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1054	0.3397	140	0.2637	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1674	0.2851	140	0.2346	1690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1674-2.2373	0.3273	140	0.2338	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2373-2.3172	0.277	140	0.2248	1686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3172-2.4099	0.2497	143	0.1991	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4099-2.5196	0.2363	139	0.2007	1693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5196-2.6523	0.2649	141	0.2088	1696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6523-2.8184	0.2831	143	0.2179	1722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8184-3.0357	0.2449	142	0.2138	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0357-3.3408	0.2476	143	0.1988	1723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3408-3.8233	0.2306	142	0.1751	1724	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8233-4.8133	0.2035	144	0.1597	1735	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8133-28.7132	0.208	153	0.1815	1853	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	詳細	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9351	-3.8082	-0.1749	5.7272	0.9719	5.3782	-0.3586	-0.0117	-0.3203	0.0864	-0.0085	0.3063	-0.1998	-0.7217	0.2946	0.3701	0.0771	-0.0303	0.4884	-0.1923	0.4658	RRM2	-36.1044	-0.8271	-21.5559
2	3.0567	-0.2553	4.0787	7.4635	-1.9485	9.0079	0.339	0.7539	1.5853	-1.0381	-0.4126	-0.9818	-1.1876	2.0133	-0.0306	0.802	-0.0111	0.1817	0.9318	-0.1008	0.6535	Linker	-61.4223	4.1161	-25.5705
3	6.2435	0.4803	1.8613	3.3727	0.283	6.4674	0.0421	-0.3183	0.0776	0.0797	0.0901	0.1837	0.2845	0.0668	-0.0467	0.2155	0.0179	-0.011	0.1488	-0.0749	0.2467	RRM3	-73.2776	-8.6876	-27.7561
4	5.2001	-0.498	1.3098	3.5994	-0.0792	5.1484	-0.0174	0.8793	-0.1391	-0.0843	0.06	-0.2401	-0.1642	0.2697	-0.035	0.1895	-0.0415	0.0037	0.2566	-0.0459	0.2118	RRM4	-79.6478	-7.8661	-52.1191
5	1.89	2.4124	0.6284	4.4545	2.5092	3.3823	0.3314	0.4967	-0.3636	0.1341	-0.1391	-0.3169	0.4039	-0.1423	-0.1241	0.3006	0.0093	-0.0335	0.2704	-0.0859	0.3717	C-terminal helices	-90.9288	-21.3687	-49.5487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 589:620)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 412:429)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 430:513)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 514:588)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 589:620)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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