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万見
- PDB-4p6l: Crystal Structure of the Computationally Designed Transmembrane M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p6l
タイトルCrystal Structure of the Computationally Designed Transmembrane Metallotransporter in Octyl Glucoside
要素Computationally Designed Transporter of Zn(II) and proton
キーワードDE NOVO PROTEIN / transmembrane / transporter / de-novo designed
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Joh, N.H. / Acharya, R. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)7U01AI074571 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3F32GM096727 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: De novo design of a transmembrane Zn2+-transporting four-helix bundle.
著者: Joh, N.H. / Wang, T. / Bhate, M.P. / Acharya, R. / Wu, Y. / Grabe, M. / Hong, M. / Grigoryan, G. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2014年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Computationally Designed Transporter of Zn(II) and proton
B: Computationally Designed Transporter of Zn(II) and proton


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9072
ポリマ－5,9072
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.120, 87.120, 87.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
詳細THE BIOLOGICAL UNIT WAS DETERMINED BY COMBINED APPROACH OF COMPUTATIONAL DESIGN, ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION AND 19F-CODEX VIA SOLID-STATE NMR. AS PER THE AUTHORS THIS TETRAMERIC ASSEMBLY IS REPORTED IN THE SEPARATE ENTRY (PDB ID: 2MUZ) FOR THE SOLID-STATE NMR MODEL ACCOMPANIED BY THE PAPER THAT CITES THIS PDB

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Computationally Designed Transporter of Zn(II) and proton


分子量: 2953.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1:1 (vol.) mixture of OG-bound Rocker (1 mM peptide, 1 mM CoSO4, 50 mM OG) and the well solution (360 mM LiCl, 100 mM sodium citrate (pH 5.6), 28 % (w/v) PEG 400, 1.56M 1,2-hexanedediol) ...詳細: 1:1 (vol.) mixture of OG-bound Rocker (1 mM peptide, 1 mM CoSO4, 50 mM OG) and the well solution (360 mM LiCl, 100 mM sodium citrate (pH 5.6), 28 % (w/v) PEG 400, 1.56M 1,2-hexanedediol) inverted above the well solution and incubated at room temperature over 2.5 weeks

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→61.6 Å / Num. obs: 2699 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 13.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.803→43.56 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 41.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3032 261 10.05 %
Rwork0.2924 --
obs0.2942 2598 92.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→43.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数422 0 0 0 422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.399588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.225144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.01764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.803-3.53130.40691230.36221131X-RAY DIFFRACTION90
3.5313-43.56520.28261380.27811206X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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