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万見
- PDB-4p6k: Crystal Structure of the Computationally Designed Transmembrane M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p6k
タイトルCrystal Structure of the Computationally Designed Transmembrane Metallotransporter with 4-bromophenylalanine in Lipidic Cubic Phase
要素Computationally Designed Transporter of Zn(II) and Proton
キーワードDE NOVO PROTEIN / transmembrane / transporter / lipidic cubic phase / de-novo designed
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.704 Å
データ登録者Joh, N.H. / Acharya, R. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)7U01AI074571-05 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3F32GM096727 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: De novo design of a transmembrane Zn2+-transporting four-helix bundle.
著者: Joh, N.H. / Wang, T. / Bhate, M.P. / Acharya, R. / Wu, Y. / Grabe, M. / Hong, M. / Grigoryan, G. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2014年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年3月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Computationally Designed Transporter of Zn(II) and Proton


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0161
ポリマ－3,0161
非ポリマー00
水00
1
A: Computationally Designed Transporter of Zn(II) and Proton

A: Computationally Designed Transporter of Zn(II) and Proton


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0332
ポリマ－6,0332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_454-x-1/2,y,-z-1/41
Buried area1410 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.870, 46.870, 60.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細THE BIOLOGICAL UNIT WAS DETERMINED BY COMBINED APPROACH OF COMPUTATIONAL DESIGN, ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION AND 19F-CODEX VIA SOLID-STATE NMR. AS PER THE AUTHORS THIS TETRAMERIC ASSEMBLY IS REPORTED IN THE SEPARATE ENTRY (PDB ID: 2MUZ) FOR THE SOLID-STATE NMR MODEL ACCOMPANIED BY THE PAPER THAT CITES THIS PDB

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Computationally Designed Transporter of Zn(II) and Proton


分子量: 3016.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
構成要素の詳細BR HAS ZERO OCCUPANCY IN 4BF. THE AUTHORS COLLECTED DATA FROM THE SINGLE CRYSTAL USING THE ...BR HAS ZERO OCCUPANCY IN 4BF. THE AUTHORS COLLECTED DATA FROM THE SINGLE CRYSTAL USING THE SYNCHROTRON BEAM TUNED AT THE BROMINE EDGE. BROMINE IS VERY LABILE UNDER RADIATION AND READILY DEGRADES UPON REPEATED DATA COLLECTION. THE LAST DATASET IS COLLECTED BY USING INCREASED EXPOSURE TO ATTAIN DIFFRACTIONS AT THE HIGH-RESOLUTION SPACE. THIS RESULTS IN OCCUPANCY OF 0 FOR THE MENTIONED BROMINE. THIS STUDY HAS BEEN CONFIRMED BY MASS SPEC

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 nl boluses containing monoolein-bound Rocker Br-Phe2 (4 mM peptide, 60% (vol) monoolein, 6 mM ZnSO4) immersed in 1 ?l of precipitation buffer (0.05 M Li2SO4, 0.1 M tricine (pH 7.4), 7 % ...詳細: 100 nl boluses containing monoolein-bound Rocker Br-Phe2 (4 mM peptide, 60% (vol) monoolein, 6 mM ZnSO4) immersed in 1 ?l of precipitation buffer (0.05 M Li2SO4, 0.1 M tricine (pH 7.4), 7 % (w/v) PEG 3000) incubated in 0.1-mm-deep wells at room temperature over a month

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 1601 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 25-residue-long idealized helix

解像度: 2.704→37.076 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3045 161 10.06 %
Rwork0.2947 --
obs0.296 1601 89.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.704→37.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数211 0 0 0 211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.386294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.07371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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