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- PDB-4p69: Acek (D477A) ICDH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p69
タイトルAcek (D477A) ICDH complex
要素
  • Isocitrate dehydrogenase [NADP]
  • Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE/OXIDOREDUCTASE / HYDROLASE-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase / [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase activity / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / AMP binding / phosphoprotein phosphatase activity / tricarboxylic acid cycle ...[isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase / [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase activity / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / AMP binding / phosphoprotein phosphatase activity / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / glucose metabolic process / NAD binding / response to oxidative stress / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), regulatory domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), kinase domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), regulatory domain / Isocitrate dehydrogenase kinasephosphatase / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK) kinase domain / Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. ...Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), regulatory domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), kinase domain / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK), regulatory domain / Isocitrate dehydrogenase kinasephosphatase / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK) kinase domain / Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP] / Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jimin, Z. / Nan, W. / Shu, W. / Zongchao, J.
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2014
タイトル: The phosphatase mechanism of bifunctional kinase/phosphatase AceK.
著者: Wang, S. / Shen, Q. / Chen, G. / Zheng, J. / Tan, H. / Jia, Z.
履歴
登録2014年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.country / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.country / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年5月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,8988
ポリマ－224,3494
非ポリマー1,5494
水37821
1
B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子

A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,8988
ポリマ－224,3494
非ポリマー1,5494
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area16060 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area80090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.160, 198.160, 156.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase / IDHK/P


分子量: 66495.984 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 4-571 / 変異: D477A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: aceK, Z5602, ECs4934 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: Q8X607, [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] / IDH / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 45678.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: icd, icdA, icdE, b1136, JW1122 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P08200, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2mM DTT, 10% glycerol, 0.1M MES pH 6.0, 25%~30% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→19.96 Å / Num. obs: 27331 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 367390 / Scaling rejects: 446
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.3-3.580.912.63426442910.5520.32298.5
9.9-19.96180.041451808610040.9990.0187.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 3.3→29.97 Å / WRfactor Rfree: 0.2338 / WRfactor Rwork: 0.1716 / FOM work R set: 0.8291 / SU B: 20.11 / SU ML: 0.337 / SU Rfree: 2.0802 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 2.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 414 4.8 %RANDOM
Rwork0.1767 8272 --
obs0.1803 -99.2188 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 193.58 Å2 / Biso mean: 81.787 Å2 / Biso min: 42.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0.95 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---3.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15634 0 100 21 15755
Biso mean--76.9 71.29 -
残基数----1945
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01916115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.96721844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.917335303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8751938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.1723.577780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.974152760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.46415125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02118108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023789
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 23 -
Rwork0.377 414 -
all-437 -
obs--11.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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