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万見
- PDB-4p5n: Structure of CNAG_02591 from Cryptococcus neoformans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5n
タイトルStructure of CNAG_02591 from Cryptococcus neoformans
要素Hypothetical protein CNAG_02591
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / CNAG_02591 / Cryptococcus neoformans / PSI-BIOLOGY / Protein Structure Initiative / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性SH3 type barrels. - #1060 / Hypervirulence associated protein, TUDOR domain / Hypervirulence associated proteins TUDOR domain / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / : / Hva1_TUDOR domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Cryptococcus neoformans (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å
Model detailsSTRUCTURAL GENOMICS
データ登録者Ramagopal, U.A. / McClelland, E.E. / Toro, R. / Casadevall, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: A Small Protein Associated with Fungal Energy Metabolism Affects the Virulence of Cryptococcus neoformans in Mammals.
著者: McClelland, E.E. / Ramagopal, U.A. / Rivera, J. / Cox, J. / Nakouzi, A. / Prabu, M.M. / Almo, S.C. / Casadevall, A.
履歴
登録2014年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein CNAG_02591
B: Hypothetical protein CNAG_02591
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,28017
ポリマ－16,7282
非ポリマー1,55115
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.775, 34.686, 38.253
Angle α, β, γ (deg.)73.930, 72.850, 79.460
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein CNAG_02591


分子量: 8364.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 株: H99 / 遺伝子: CNAG_02591 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VKY2
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M cadmium sulfate, 2.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 23265 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.047 / Χ2: 2.17 / Net I/av σ(I): 34.382 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 64741
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.49-1.522.70.1479.8811411.33591.6
1.52-1.542.80.14611141.40894.2
1.54-1.572.90.12511861.44595.4
1.57-1.612.80.11511321.51894.9
1.61-1.642.90.10511671.57195.3
1.64-1.682.80.10111471.64194.9
1.68-1.722.90.09511461.89595.6
1.72-1.772.80.0812071.82895.7
1.77-1.822.80.07711722.02696.2
1.82-1.882.80.06811322.0295.7
1.88-1.942.80.06311852.31996.9
1.94-2.022.80.05411812.27896.3
2.02-2.112.80.05311712.51296.6
2.11-2.232.80.04911692.63897.2
2.23-2.372.80.0511702.75296.9
2.37-2.552.70.04611802.73497.3
2.55-2.82.70.04311882.79897.2
2.8-3.212.70.0411902.83297
3.21-4.042.60.03811673.03897
4.04-502.60.03711203.05291.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.49→35.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.1864 / WRfactor Rwork: 0.1406 / FOM work R set: 0.9174 / SU B: 1.904 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0172 / SU Rfree: 0.0148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.017 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1802 1191 5.1 %RANDOM
Rwork0.1371 22074 --
obs0.1392 23265 95.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.63 Å2 / Biso mean: 16.481 Å2 / Biso min: 4.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-2.78 Å20.52 Å2
2--1.37 Å21.14 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→35.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1134 0 50 156 1340
Biso mean--30.5 25.03 -
残基数----148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.9861698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0435160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.21727.58658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07715227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.593152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5991.264621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0181.903778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4821.67628
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr14.1531249
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free43.027535
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.15751364
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 71 -
Rwork0.117 1580 -
all-1651 -
obs--91.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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