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- PDB-4p5f: The crystal structure of type III effector protein XopQ complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5f
タイトルThe crystal structure of type III effector protein XopQ complexed with adenosine diphosphate ribose
要素Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase
キーワードHYDROLASE / Adenosine diphosphate ribose Complex Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yu, S. / Hwang, I. / Rhee, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of type III effector protein XopQ from Xanthomonas oryzae complexed with adenosine diphosphate ribose.
著者: Yu, S. / Hwang, I. / Rhee, S.
履歴
登録2014年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase
B: Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9266
ポリマ－83,2472
非ポリマー6804
水3,387188
1
A: Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6642
ポリマ－41,6231
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2634
ポリマ－41,6231
非ポリマー6393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.999, 73.808, 201.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase


分子量: 41623.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株: KACC10331 / KXO85 / 遺伝子: URH1, XOO4466 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5GUA3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8.5% (w/v) PEG 1000, 8.5% (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol, 10 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 42892 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 26.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Χ2: 1.114 / Net I/av σ(I): 18.9 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 543348
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.1812.90.85642170.925100
2.18-2.2612.80.65741980.981100
2.26-2.3712.80.54142390.979100
2.37-2.4912.70.41242321.00299.9
2.49-2.6512.70.32942631.026100
2.65-2.8512.60.2542501.06899.5
2.85-3.1412.60.17642531.14799.7
3.14-3.5912.50.11942891.28599.5
3.59-4.5212.50.09243591.41899.7
4.52-5012.70.07645921.29599.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化解像度: 2.1→36.303 Å / FOM work R set: 0.8154 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 1943 4.73 %
Rwork0.2016 39148 -
obs0.204 41091 95.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.31 Å2 / Biso mean: 22.87 Å2 / Biso min: 6.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→36.303 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5357 0 39 188 5584
Biso mean--25.32 20.6 -
残基数----700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1167513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.952039
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0996-2.15210.31441340.23282551268590
2.1521-2.21030.30891310.23192603273491
2.2103-2.27530.31931290.21352653278292
2.2753-2.34880.29721310.21612680281194
2.3488-2.43270.26821360.21242726286294
2.4327-2.53010.28131420.21252762290495
2.5301-2.64520.29061380.21152740287896
2.6452-2.78460.28161380.23212777291596
2.7846-2.9590.28291420.22642834297697
2.959-3.18730.30681420.23112876301898
3.1873-3.50790.24071390.20882890302999
3.5079-4.01490.22051420.18452942308499
4.0149-5.05620.19621460.159929733119100
5.0562-36.30820.21641530.188931413294100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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